在刑事诉讼法方面，对侵犯知识产权犯罪的特殊情况也有考虑不周之处。
一是关于此类案件的管辖，有的由被侵权人所在地法院管辖更适宜。比如有的人在火车上利用网络或者手机短信息披露他人商业秘密，或者在国外进行上述行为，就很难确定犯罪行为发生地或被告人所在地。对此，可以根据犯罪行为危害结果地的理论，由被侵权人所在地法院管辖。当然，犯罪人在网络上或手机上发布信息的所在地法院也有管辖权。
二是关于刑事诉讼程序的启动问题。根据刑事诉讼法和有关司法解释，对侵犯知识产权犯罪可以采用三种方式启动刑事司法程序。（１）公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，按照管辖范围立案侦查；（２）公安机关、人民检察院或者人民法院对报案、举报或者控告审查立案；（３）被害人向人民法院直接起诉，人民法院依法受理。最高人民法院在《关于执行中华人民共和国刑事诉讼法若干问题的解释》第一条中规定，除了严重危害社会秩序和国家利益以外的侵犯知识产权案，被害人有证据证明的，可以向人民法院直接提起刑事自诉，进一步放宽知识产权犯罪被害人提起自诉的条件，但是没有明确对于知识产权案件公诉与自诉两种诉讼方式的界限和衔接，有待进一步改善。
三是一些知识产权涉及国家秘密或商业秘密，涉及国家秘密的自然应当不公开审理，涉及商业秘密的刑事诉讼法没有规定。最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第１２１条规定，“对于当事人提出申请的确属涉及商业秘密的案件，法庭应当决定不公开审理。”但公诉案件被侵权人不一定到庭，法官是否有责任提醒被侵权人。对自诉案件涉及国家秘密、商业秘密的，法律也应当强调一下，以提醒审判人员和当事人注意保密。
四是侵犯知识产权的案件是否属于刑事附带民事诉讼的范围。《最高人民法院关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》第一条说，“因人身权利受到犯罪侵犯而遭受物质损失或者财物被犯罪分子毁坏而遭受物质损失的，可以提起附带民事诉讼”。这里的人身权利主要是指健康权。这里显然不包括侵犯知识产权犯罪案件，因为侵犯知识产权案件不涉及人身权利的健康权，也不涉及对财物的毁坏。但实际上，侵犯知识产权案件若能够附带民事诉讼更符合诉讼经济的原则。因为，在刑事诉讼中已确定了“销售金额”、“违法所得数额”、“重大损失”等，从而便于民事赔偿。如果不明确规定侵犯知识产权犯罪案件可以附带民事诉讼，那知识产权权利人只能对民事部分另行起诉了。参照《全国人大常委会关于惩治侵犯著作权的犯罪的决定》，“犯本决定规定之罪，造成被侵权人损失的，除依照本决定追究刑事责任外，并应当根据情况依法判处赔偿损失”的规定，对侵犯知识产权犯罪，一般应当允许被侵权人提起附带民事诉讼。
知识产权主要是一种财产权利，知识产权犯罪中的被害人更多关注的是其经济利益能否得到保障，许多被害人舍弃刑事救济渠道而选择民事救济方法的原因之一便是认为刑事诉讼缺乏对被害人经济利益有效的保护措施。因此，应当注意首先制止正在进行的侵犯知识产权行为，并且应当将刑事附带民事诉讼作为知识产权犯罪诉讼形式，司法机关在立案以后要综合运用刑事诉讼法和民事诉讼法中规定的各种措施，如财产保全、先予执行、扣押等手段，加强刑事司法的时效性和对版权人的保护，调动权利人运用刑法保护自己权益的积极性。
五是侵犯知识产权案件，认定比较复杂，比如专利侵权的相同侵权和等同侵权等，就比较复杂，需要专家或专门机构鉴定。这种鉴定对犯罪的构成与否是十分重要的，因此法律或者司法解释应当予以规定。目前的情况下，我们认为可参照最高人民法院、最高人民检察院《关于办理生产、销售伪劣商品刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条的规定，委托法律行政法规规定的知识产权管理或检验机构进行鉴定。
六是知识产权犯罪专业性、技术性比较强，证据的收集、效力与传统证据有较大区别，比如数字证据、网络上的证据等，如何规范它的收集、保存和效力，需要有一定的规定。对付智能犯罪，需要智能诉讼，需要对诉讼过程的智能化改造。
由于近年来对侵犯知识产权犯罪打击力度的增强，现在犯罪嫌疑人生产与销售侵犯知识产权的商品一般都经过严密组织，分工细致，各环节有独立性又非常隐秘，因此给调查收集证据带来极大的困难，常常仅能查获其中的某一环节，比如对于销售额，一般没有完整的账册无法查找到相关当事人，认定十分困难。其次，还存在一个行政证据如何转化为刑事证据的问题，这类案件多数由工商局等行政机关在执法活动中发现，再移送公安机关的，这些行政机关手段有限，取得的证据达不到刑事诉讼的要求，公安机关则要求证据齐备，致使案件无法移交，行政部门只好以罚代刑。如某省质量技术监督局反映，他们１９９８年向公安部门移送的五个案件中，只被接受了一个，而且这个案件是补查了四次才被接受的。这类问题有待于进一步探讨后，通过立法或者法律解释统一解决。
七是法院移送案件的问题。根据最高人民法院《关于在审理经济纠纷案件涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定》第１０条、第１１条、第１２条的规定，对法院在审理知识产权经济纠纷中发现的犯罪嫌疑案件的移送问题有明确的规定，但是，由于刑法规定的构成犯罪的标准过于原则，民事审判人员很难判定对知识产权的侵权行为是否构成犯罪，所以，法院审理的民事侵权案移送为刑事案件的几乎没有。移送程序存在的问题主要是：（１）级别管辖存在冲突，知识产权民事纠纷案件由中级以上人民法院管辖，而刑事诉讼还在基层法院，给操作带来不便。（２）公安机关立案后，民事案件是中止诉讼还是终止诉讼，公安机关侦查后或者检察机关审查后，或者刑事案件审判后认为不构成犯罪，民事案件如何恢复审理，适用什么程序。