我国刑法对知识产权的保护已经有很大进步，保护的范围比较齐全，法定刑比较严厉。但仍存在一些需要研究的问题。
一是刑法的价值选择需要与时俱进。知识产权犯罪侵犯的是复杂客体，包括知识产权权利人的利益和知识产权管理制度、正常的市场秩序和国家经济增长。也就是说涉及到对保护个人利益和社会利益的价值选择问题。我国刑法偏重于对公共经济秩序的保护，即我国刑法将侵犯知识产权犯罪规定为破坏社会主义经济秩序，定罪标准是违法所得而非销售所得和损失。各国对知识产权的保护的差异在于偏重保护私人财产权还是保护社会公共利益。美国的刑事法律偏重于保护私人财产权，他们认为知识产权是一种个人所有的无形财产权，严重侵犯这种权利的行为将给所有人造成严重的经济损失；同时一定的知识产权又涉及到社会的公共利益。我国偏重保护社会公共利益，认为严重的侵犯知识产权的行为，不仅侵犯权利人的利益，更重要的是危害社会公共利益。因此，我国刑法第２１７条和第２１８条分别规定了“违法所得数额较大”和“违法所得数额巨大”的定量要求，其他条文规定的情节严重的起刑标准也是要以违法所得数额作为定罪量刑的尺度。违法所得的数额越大，对社会秩序的破坏就越大，但是违法所得数额小，对版权所有人造成的损失不一定小，例如当侵权人大量复制版权作品、低价销售时就是如此。“违法所得”的定量规定不利于刑法对盗版软件的打击。大量的盗版软件和其他的侵犯著作权的行为正是有了这样的定罪要求而逃脱刑罚的制裁。
美国和日本等国之所以能够长期称雄世界舞台，很大程度上归功于他们对知识、智力成果的高度重视和得力的知识产权保护措施。党的十六大报告提出了“完善保护私人财产的法律制度”，所以我国立法者应当与时俱进地将刑法的价值选择定位在同等地保护私人财产权和社会公共利益。将侵犯知识产权犯罪的定罪量刑标准规定为数量和违法所得数额来衡量。
二是刑法规定的主观要件滞后。侵犯著作权罪不应当把“以营利为目的”作为犯罪构成的要件，而应当作为从重处罚的情节。因为有些行为，如在网上发布他人作品，虽不以赢利为目的，但对著作权的侵害是相当严重的。因此，“以营利为目的”的条件，目前已经不能适应网络侵权的要求。“以营利为目的”实际上是从加害人的角度进行划分，将犯罪范围限定在经济活动领域内，排除了大量应当受到刑法惩罚的严重侵犯权利人的行为，不利于对被害人利益的保护。例如有的人出于好玩或者别的目的，将别人的软件和作品放在网上供公共免费下载，他并不是以营利为目的，但是这种行为给权利人造成了严重的损失。还有目前存在的软件著作权行为已不仅仅是以营利为目的的复制和销售，还有的硬件销售商在销售计算机时进行未授权的软件安装行为和未经授权通过网络擅自将软件上传到网上提供给网络的行为。这行为并不一定以营利为目的，但同样给版权所有人造成了损害。在美国、日本、法国、意大利等国的刑法都没有规定“以营利为目的”作为侵犯著作权犯罪的主观要件。从侵犯著作权行为的严重性和极强的蔓延性来看，构成著作权犯罪的行为不一定要以营利为目的，只要是为自己牟取利益而侵犯著作权，就可以成立侵犯著作权罪的主观要件。
三是刑法没有保护的其他知识产权如商号、集成电路布图设计、植物新品种等。随着市场经济的发展和竞争日趋激烈，越来越重要，是否对它们提供刑法保护？数字化时代与版权有关的网络上的反解密权和权利标识权是否需要刑法保护，都是急需进一步研究的问题。有些犯罪是否属于侵犯知识产权犯罪范畴，应当进一步研究，如商誉是否属于知识产权，我国刑法把损害商业信誉、商品声誉罪归入扰乱市场秩序罪一节中，是从反不正当竞争的角度出发的，而从另一种角度讲，商誉又是无形财产。此罪规定在扰乱市场秩序罪中，表明主要侵害的是公权，应当属于公诉案件，但该罪最高法定刑只有两年，这样的案件也需要公安机关侦查，检察机关起诉，似过于耗费司法资源。还是将商誉视为私权，以自诉为主较为妥当。权利人可以在刑事诉讼和民事诉讼之间进行选择，一旦提起刑事诉讼，法院还可以调解结案。这样做对维护当事人权益和市场秩序都有利。
四是立法模式问题。国外对知识产权的保护多采取分散型的立法方式，在各专门法中规定刑事条款，其优点在于对罪名、罪状规定的更详细。由于知识产权在不断发展，作为基本法的刑法刚性比较强，而部门法则比较容易修改，能更好的适应变化。有的国家采用双轨制，在知识产权法律中将有关刑法条款录入，在刑法中将知识产权法中的有关刑事条款录入。这些立法方式值得我们借鉴。这样，修改知识产权法律时，可能要增加一些新的知识产权或对某些知识产权扩大内容，如版权中的网络版权的解密权，随之也可以在不违背刑法原则的前提下规定刑法条款，刑法典可将该条款录入，无须再开人民代表大会修改刑法。如果修改知识产权法律时不考虑刑事条款，则可能导致刑法典落后于现实需要，如果刑法典先于知识产权法规定刑事条款，则可能导致法官在断案时对一些细节问题无所适从。１９９７年刑法典修订后，已出现了几个刑法修正案，随着知识经济时代的到来，还会出现一些新的犯罪，如果总修改刑法典就会影响刑法的稳定。再者，与知识产权有关的犯罪罪状比较复杂，在刑法典中又不宜规定太细，即使规定的比较详细，法官断案时也要翻阅有关知识产权的法规，所以，还是在知识产权法律中规定刑事条款，在刑法典中录入为宜。这样做，便于立法和司法工作。当然，这种规定不能像以前那样，比照刑法某某条处罚，而应当规定单独的罪名、罪状和法定刑。
五是侵犯知识产权罪中的“情节”、“销售金额”、“违法所得数额”、“重大损失”在实践中难于确定标准。目前主要根据“自由裁量权”来确定，最高人民法院应当在总结经验的基础上，尽快出台各地可参考的标准。在制定司法解释时应当注意追诉标准过高的问题。刑法中关于侵犯知识产权犯罪的规定比较粗略，没有量化标准，可操作性较差。目前定罪量刑的主要标准是依据最高人民检察院和公安部的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》和参照最高人民法院《关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中规定的量化标准。大部分学者和权利人认为，以“违法所得数额”作为侵犯著作权犯罪量化标准是导致在打击此类犯罪过程中刑法规范适用率低的直接原因之一，定罪标准的不合理引发了一系列问题：对以低价战略占领市场的盗版犯罪者而言，现行法律至少违法所得５万元的起刑点数额明显偏高。比如盗卖盗版光碟的人，随身携带的光碟只有１０００元左右，抓住几次也达不到５万元。而其被抓住只是在个别情况下。这些人的非法所得难于达到起诉标准。由于证据的难以取得，使得对犯罪分子“以罚代刑”、“屡抓屡放”的现象严重，对版权人的保护成了空话。
实践中，对于“违法所得数额”、“销售金额”的计算一般有两种方法，一种是查抄账本以确定非法所得或销售金额，一种是对查到的违法产品进行折算。由于假冒商标等行为属于地下活动，一般是现金交易，不记账，不留任何凭证。查货的货物没有销售出去，也不能计算违法所得或销售金额。因此，在实际办案中，执法部门倾向于使用后一种办法，但在折算货值时，也有折算方法不统一的问题。有的部门按照当事人的报价计算，有的部门按照同类商品的市场价格计算，但现场查获的案值只是一小部分，由于没有追索计算的规定，使得处罚过轻，起不到震慑作用。比如，晋江市一家贸易公司在１９９９年被搜查了三次：第一次泉州技术监督局在６月份对其进行了搜查，查获９３００双某冒牌鞋；第二次，晋江工商局对其进行搜查，查获２０００双此类冒牌鞋；第三次，１２月份查获５００双此类冒牌鞋。三次共查获１．１８万双，总价值约４０万元。商标所有人的调查员曾亲眼看到发货１万双。但泉州技术监督局和晋江工商局无法获取以前销售的证据，只能作出罚款决定。可见，处理此类问题，应当由全国人大召集各有关部门协调解决。
六是刑罚的结构应进一步调整。现在刑法的规定是自由刑为主，与罚金刑相结合，而国外有刑法规定则有限制犯罪人从事工商业活动、在报纸上公布判决书，全部或部分以及临时或永久停业等。随着我国社会主义市场经济的建立，这些资格刑应当引入我国刑法。另外，一些国家规定：违反保密法，擅自向国外申请专利等，泄漏国家秘密的，构成犯罪并是从重处罚情节。我国刑法无此规定，这不利于提高知识产权人的保密意识。