一是整体执法力度不够大。有些地方的行政执法部门为了本地方、本部门的自身利益，常常将应当移送司法机关作为刑事案件处理的案件只作为一般行政违法案件处理。大量可能构成犯罪的案件按照一般违法案件处理，给予行政处罚而结案，造成起诉到法院的案件所剩不多，致使一些侵犯知识产权的行为人屡罚屡犯，没有起到吓阻作用。例如，浙江某地查获一个家庭工厂制造假冒某外资企业“雷达”商标电蚊香１５００多盒，假冒包装盒１０万多个，以及大量的半成品。根据假冒商标的数量，已经达到刑事立案的标准，本应移送公安机关，但当地的行政执法部门仅罚款５万元了事。另外，行政执法部门查处案件手段有限，移送案件标准不统一，移送案件意识不强都是原因。
二是法条竞合严重。由于侵犯知识产权犯罪的刑罚相对较轻，而且侵犯知识产权犯罪与制假、贩假犯罪、诈骗犯罪和非法经营犯罪有牵连、竞合等关系，因此，有些较严重的侵犯知识产权案件被按照其他犯罪处理。
三是取证困难大。由于侵犯知识产权犯罪多属于智能型犯罪，手段比较隐秘，并朝着组织性、隐蔽性、对抗性发展，致使这类犯罪的证据难于取得。如《行政处罚法》没有赋予行政执法部门封存、扣留等行之有效的措施。如果当事人对行政机关已经采取行政保全措施的财产转移、隐匿、调换、销毁了，证据就会消失，案件难于查处。如某地执法部门查获一起假冒“长城”牌机油案，采取先行登记保存措施后，依照法律规定，由当事人保存，结果案发当夜当事人就将假冒机油换成了正牌机油，使案件查处陷于被动局面。至于自诉案件，当事人更难于取证，导致一些案件起诉不到法院。
四是缺少明确和操作性强的立法和司法解释。由于侵犯知识产权罪的刑事立法过于简单，数额标准、情节标准过于原则，罪与非罪之间的界限不明确，导致行政机关难于判断哪些案件应当移送司法机关处理，起诉到法院的案件审判人员也难于下判。
假冒注册商标罪和假冒专利罪的犯罪构成要求“情节严重”，销售假冒注册商标的商品罪的犯罪构成要求“销售金额数额较大”，侵犯著作权规定的是“违法所得数额较大或者有其他严重情节”，侵犯商业秘密罪规定的是“给商业秘密权利人造成重大损失的”，销售假冒注册商标的商品罪、销售侵权复制品罪等规定的是“违法所得数额较大或者有其他严重情节的”。最高人民法院目前只对侵犯著作权罪、销售侵权复制品罪的定罪量刑标准做了规定，对其他罪的定罪量刑标准还没有具体规定。目前，在司法实践中定罪量刑的主要依据是最高人民检察院和公安部２００１年４月１８日联合发布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》，但是，该标准只是一个立案标准或者起诉标准，而不是定罪量刑的标准，这在今后的司法解释中应当尽快解决。