1.于法无据、性质不明
我国现行《商标法》中并未有明确规定可以对著名商标进行主动申请、跨类保护。著名商标制度事实上突破了上位法对商标的范围，打破了我国的整体商标保护制度和理论体系。另外，省级地方工商行政管理部门的认定的著名商标，其本质上到底属于行政授权许可、地方性垄断权还是仅仅只是荣誉称号，难以确定。
2.目的偏差、背离宗旨
综观各地设立著名商标保护的地方性法规或规章的宗旨都是为了实现促进地方经济发展、提高地方综合竞争力，引导企业重视、发展和培育商标，实现本地商标战略等目的，保护著名商标所有人和消费者的合法权益。但是在现实实践过程中，地方政府部门通过行政方式认定著名商标已经逐渐成为了谋求政绩的一项手段，只注重商标数量而忽视商标质量的做法，彻底背离了著名商标保护的初衷。
3.行政干预过多、干扰市场经济发展
著名商标的认定通过行政手段干预商标的发展和培育，典型地违背了社会主义市场经济条件下，企业为市场主体，市场对资源配置其基础作用的规律。高知名度和高信誉度的商标是通过市场检验，长期得到消费者认可才能够培育起来的。政府部门通过行政手段刻意“培育”著名商标，其实质是以非市场的手段帮助企业实施了不正当竞争行为，违背了保护著名商标的初衷。