除商标法保护之外，我国还为地理标志提供了专门法保护。专门法保护目前有两套体系，即《地理标志产品保护规定》和《农产品地理标志管理办法》。
（一）《地理标志产品保护规定》
早在1999年，原国家质量技术监督局就发布了《原产地域产品保护规定》，这是我国第一部专门规定地理标志制度的部门规章。2005年国家质量监督检验检疫总局颁布了《地理标志产品保护规定》，取代了《原产地域产品保护规定》。
《地理标志产品保护规定》采用了“地理标志产品”的用语，其第2条规定，所谓地理标志产品，是指“产自特定地域，所具有的质量、声誉或其他特性本质上取决于该产地的自然因素和人文因素，经审核批准以地理名称进行命名的产品”。根据《地理标志产品保护规定》，国家质量监督检验总局是地理标志产品保护工作的主管部门，各地出入境检验检疫局和质量技术监督局依照职能开展地理标志产品保护工作。地理标志产品的保护和使用都必须经过申请和注册，也就是说，凡是申请地理标志产品保护的，必须依照《地理标志产品保护规定》提出保护申请并经国家质量监督检验总局审核批准；任何单位和个人要使用获得注册的地理标志产品专用标志，也必须依照该规定提出使用申请并由国家质量监督检验总局予以注册登记。另外，不论保护申请还是使用申请都实行两级审查，即先由地方质检部门对申请进行初审，然后再由国家质检总局进行审查。
对于擅自使用或伪造地理标志名称及专用标志的，不符合地理标志产品标准和管理规范要求而使用该地理标志产品名称的，或者使用与专用标志相近、易产生误解的名称或标识及可能误导消费者的文字或图案标志，使消费者将该产品误认为地理标志保护产品的行为，质量技术监督部门和出入境检验检疫部门将依法查处。
（二）《农产品地理标志管理办法》
2007年农业部发布的《农产品地理标志管理办法》是我国第二部专门规定地理标志保护制度的部门规章，它与《商标法》《地理标志产品保护规定》三足鼎立，形成了我国地理标志保护的三套并行体系。
《农产品地理标志管理办法》第2条第2款规定：“本办法所称农产品地理标志，是指标示农产品来源于特定地域，产品品质和相关特征主要取决于自然生态环境和历史人文因素，并以地域名称冠名的特有农产品标志。”这一定义仅适用于初级农产品，即“来源于农业的初级产品，即在农业活动中获得的植物、动物、微生物及其产品”，不包括经过工业加工的产品。
农产品地理标志的登记主管部门是农业部，省级人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内农产品地理标志登记申请的受理和初审工作。申请人不能直接向农业部提交登记申请，必须先向省级人民政府农业行政主管部门提出申请，并提交申请材料。省级人民政府农业行政主管部门受理登记申请后应进行初审和现场核查，并提出初审意见。对于符合条件的申请应报送农业部进行评审。申请通过评审的，农业部将予以公示。公示期满无异议或异议不成立的，农业部作出登记决定并公告，颁发《中华人民共和国农产品地理标志登记证书》。
符合条件的单位和个人可以向登记证书持有人申请使用农产品地理标志。农产品地理标志登记证书持有人和标志使用人对地理标志农产品的质量和信誉负责，任何单位和个人不得伪造、冒用农产品地理标志和登记证书。
农业部门的农产品地理标志保护体系和质检部门的地理标志产品保护制度有相似之处，但也存在一定差异。其相同之处在于，两者都是专门保护制度，且地理标志的登记或注册申请都是经由地方政府机关初审后上报至主管部门。其不同之处在于，地理标志产品的保护范围较广，不限于农产品，而农产品地理标志仅限于初级农产品；另外，地理标志产品获得注册后要进行使用必须由质检机关批准和注册，而农产品地理标志的使用则由登记证书持有人作出许可。