合作创新是指企业之间或企业与科研院所之间的联合创新行为。合作创新通常以参与合作各方的共同利益为基础，以资源共享和优势互补为前提，具有明确的合作目标、合作期限和合作规则。合作各方在合作创新过程中共同投入、共同参与、共享成果、共担风险。现代经济中，合作创新主要存在于高新技术产业领域，通常以合作研究与开发(RAD)为基本形式。其重要性在于企业面临技术创新资源的短缺和技术创新竞争性的增强，由于短缺和外部创新竞争环境的动态复杂化，使得企业创新机制面临着诸如资源固化、信息、成本、人力资源、风险补偿、技术壁垒、产业周期、技术转换等方面的障碍·，合作创新则能够在上述这些方面为企业创造一种相对宽松的环境与平台。随着产业技术化和技术产业化进程的日益加快，合作创新所显示出来的技术与经济效率是显而易见的。从合作创新的实践机制分析，当代合作创新大体可划分为下列基本类型。

(1)政府主导参与的合作创新(简称GCS)。在这一机制中，政府不仅是创新目标的制定者，而且也是创新过程的主导者、创新资源的主要投入者和创新成果的所有者。其基本特点：一是政府成为合作创新全部过程的主导力量，合作创新战略、创新机制建构、路径选择、创新激励、创新关系机制建立、参与对象选择、创新内容确定等全部由政府制定；二是政府投入主要的创新资源；三是政府主导创新技术成果的转让与扩散机制、扩散路径。一般而言，政府主导参与的合作创新能够形成较为显著的“内部化效应”、“沟通效应”、“学习效应”，有利于实现资源共享、互补、敏捷和扩散功能。

(2)政府诱导企业自主合作创新(简称ECS)。在这一机制中，政府成为外在的创新推动者，政府通过自己的行为将其战略意图灌输给企业，并能够在一定意义上对创新过程施加某种程度上的影响。而企业成为整个创新过程的主导性力量，企业在秉承政府创新战略的基础上，依据企业运营的内在基础和所面临的外部竞争环境特点，制定具有效率的创新战略，并在这一战略的指导下，建构具体的创新机制与策略路径。

(3)政府倡导企业自由合作创新(简称FCS)。在这一机制中，政府成为整个创新过程的旁观者，但具有监督、指导和在某些条件下的干预职能。这种形式的合作创新建立在企业自主、自由、平等基础上，通过谈判契约等正式途径以及各种可能的非正式途径，形成某种创新联合体，共同投入资源共同参与研发，共享技术成果。这种创新机制的效应和功能实现程度，主要取决于参与创新各方企业的合作意愿与契约效率。