1937年7月，国内外时局风云突变。“七七”卢沟桥事变后抗战全面爆发，战火很快便蔓延至上海和江南一带。由于吴羹梅先生所创办的中国标准国货铅笔厂正好位于战区附近，整日炮火震天。因战争交通受阻，产品原料、成品销售等运输均受到很大影响，致使工厂无法正常生产。为了不让自己多年苦心经营的企业落人日军之手，吴羹梅按照当时的政府指示，并得到上海工厂联合迁厂委员会的批准，在同意迁厂的职工支援下，决定将工厂的所有生产设备、产品原料，进行拆卸、装箱等，运往内地继续生产。但因当时长江口被日军封锁，铁路堵塞，吴先生就高价雇用木船，装载机器设备和材料运至镇江，再转长江轮船抵达湖北汉口。同年年底，吴羹梅在汉口长江边租赁临时厂房，恢复生产。后因抗战形势再度吃紧，他又经辗转靠人工拉纤，从汉口溯江向西，经宜昌、奉节等地到达重庆。当时由于长江上流江水湍急，装运机器的民船遇险，有20％的器材沉入江底。后在多次排除险情后，最终抵达目的地。之后，吴先生在重庆选定菜园坝附近，购置土地，建造厂房，迅速安装机器设备，继续生产已在社会上影响较大的“鼎”牌等各档铅笔。

当时，在沦陷区迁往重庆的众多生产企业中，吴先生所从事的铅笔制造业一时成为抗战时期后方唯一的铅笔厂。工厂按照生产能力，每月只能生产各类铅笔4 000罗左右，在国内市场上，确实是供不应求。吴先生严格按照政府定价，始终坚持薄利多销，不卖黑市高价，不发国难财。为了扩大“飞机”牌等铅笔的社会影响和产品销路，吴先生陆续在重庆、贵阳、昆明、西安和兰州等地建立“飞机”牌等铅笔发行所。此外，他将香港协昌贸易公司的股本转到重庆，创办了重庆光华油漆厂，以此解决生产铅笔所用的喷漆。另外，他还创办重庆锯木厂，生产铅笔所用的木材。1942年2月，因日军侵占贵州等地，吴先生又转去西北兰州，创办了兰州铅笔分厂，生产铅笔，以供应西北地区市场。这样，人们在西北地区也见到了国货名牌“飞机”牌、“鼎”牌铅笔。

1942年底，重庆铅笔生产厂两次遭日军飞机轰炸，生产车间被毁，铅笔成品及铅笔原料损失惨重。但吴羹梅先生并没有被日军的野蛮行径所吓倒，他组织全厂职工全力奋战，抢救工厂设备。之后，他为了防止生产设备被敌机再次轰炸，便将工厂的两个车间搬进自己开凿的山洞，坚持生产。后来，吴羹梅又在重庆南温泉附近山区新建厂房，生产大后方紧缺的书写产品，承担起作为抗战大后方独此一家铅笔厂所应尽的责任。