通过民事诉讼程序追究专利侵权行为人的民事责任是专利法赋予专利权人及其利害关系人的权利，也是人民法院处理专利侵权纠纷的基本程序。构成专利侵权，承担民事责任，主要有停止侵权、赔偿损失和消除影响三种形式。

2008年我国《专利法》修改为与《TRIPS协议》相一致，对专利侵权案件民事诉讼中的实体问题和程序问题均作了适当的调整和补充，使之更加完善。

（1）增加了诉前临时措施

《TRIPS协议》第四十一条要求执法程序应允许采取反对侵权行为的有效措施，并规定在下列两种情况下必须有临时措施：一是需要制止任何侵权行为的发生和制止侵权商品进入商业渠道，包括制止刚由海关放行的进口侵权商品进入国内商业渠道。二是为保存被指控的侵权的相关证据。我国执法程序中，原本没有这种诉前的保护措施，为了有效保护专利权，与《TRIPS协议》一致，修改后的我国《专利法》第六十六、六十七条规定：专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯专利权的行为，如不及时制止将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。

（2）完善了诉讼时效制度

原《专利法》第六十一条对侵犯专利权的诉讼时效规定为二年，自专利权人或者利害关系人得知或应当得知侵权行为之日起计算。修改后的我国《专利法》第六十八第二款又增加规定：“发明专利申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为二年，自专利权人得知或者应当得知他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已得知或者应当得知的，自专利权授予之日起计算。”这一内容是对《专利法》第十三条专利权人在其发明被授予专利之前的临时保护制度的必要补充，使专利侵权的诉讼时效制度趋于完善。

（3）增加了关于侵权赔偿额计算的规定

专利侵权损害赔偿是专利侵权行为人应当承担的主要民事责任方式。原《专利法》对此未作出明确规定，实践中有三种具体做法：①以专利权人因侵权行为受到的实际损失作为损失赔偿额。②以侵权人因侵权行为获得的全部利润作为损失赔偿额。③以不低于专利许可使用费的合理数额作为损失赔偿额，由人民法院根据具体案情选择适用。2008年修改《专利法》时，遵循公平、公正原则，将上述经过实践检验证明行之有效的方法明确写入第六十五条：侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的损失确定；实际损失难以确定的,可以按侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。这一规定增强了可操作性。

（4）明确了专利侵权诉讼的举证责任

关于当事人的举证责任，对一般专利侵权诉讼而言，仍实行原告举证。但在方法专利的侵权诉讼中实行举证责任倒置原则，原《专利法》第六十条第二款对此已有具体规定。但该规定只适用于方法发明专利。事实上，实用新型专利在专利申请中所占的比重最大，而且专利申请的受理审查机构对实用新型专利不进行实质审查，因而其专利权的法律稳定性不充分。修改后的《专利法》借鉴了一些国家的成功做法，在第六十一条规定：专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明；涉及实用新型专利或者外观设计专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人或者利害关系人出具由国务院专利行政部门对相关实用新型或者外观设计进行检索、分析和评价后作出的专利权评价报告，作为审理、处理专利侵权纠纷的依据。这一规定明确了实用新型专利侵权的举证责任。