所谓事实认定是指当事方不能将之作为独立的诉讼请求提出，要求法院确认其商标为驰名商标。驰名商标的认定只能针对个案中的争议解决进行确认，而这种确认是事实认定，当事实发生改变后，对于商标是否驰名应进行重新认定。在审判侵犯商标权纠纷的案件中，对涉案商标是否属于驰名商标做出认定，属于对案件基本事实的认定，不受当事人诉讼请求的限制。基于事实认定，对构成驰名商标的涉案商标依法应当予以相应的法律保护。

我国驰名商标认定实践之初系主动认定，并在商标实质审查阶段予以主动保护。1996年颁布的《驰名商标认定和管理暂行规定》第八条明确规定，“将与他人驰名商标相同或者近似的商标在非类似商品上申请注册，且可能损害驰名商标注册人的权益，从而构成《商标法》第八条第(九)项所述不良影响的，由国家工商行政管理局商标局驳回其注册申请”，此规定于2003年修正该规章时被删除。其后，随着商标法实践的发展，对驰名商标实行被动保护基本已成共识，在商标申请实质审查阶段，商标局一般不再依职权适用《商标法》中的“驰名商标保护”条款主动保护驰名商标，而是由权利人主张适用驰名商标保护条款寻求保护。
被动保护原则意味着商标的持有人在其权利受到侵害时，须请求有关机构为其提供法律保护，有关机关不主动对其商标的驰名程度进行认定。 个案认定意味着驰名商标的认定只具有个案意义，并不必然对其他案件产生影响。当然，如果某商标曾经被认定为驰名商标，其一般会被作为一个重要的参考因素。《最高人民法院关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》明确规定，被诉侵犯商标权或者不正当竞争行为发生前，曾被人民法院或者工商行政管理部门认定驰名的商标，被告对该商标驰名的事实不持异议的，人民法院应当予以认定。被告提出异议的，原告仍应当对该商标驰名的事实负举证责任。
《驰名商标认定和保护规定》规定，商标注册审查、商标争议处理和工商行政管理部门查处商标违法案件过程中，当事人依照《商标法》第十三条规定请求驰名商标保护时，可以提供该商标曾在我国作为驰名商标受保护的记录。当事人请求驰名商标保护的范围与已被作为驰名商标予以保护的范围基本相同，且对方当事人对该商标驰名无异议，或者虽有异议，但异议理由和提供的证据明显不足以支持该异议的，商标局、商标评审委员会、商标违法案件立案部门可以根据该保护记录，结合相关证据，给予该商标驰名商标保护。

按需认定是指只有在认定驰名商标的前提下商标才有救济可能时，才需要对商标是否驰名做出认定。通常下列情况不再认定驰名商标：
第一，请求认定驰名的商标与争议商标使用在相同或类似商品上，或商标权人在与争议商标指定使用的商品相同或类似的商品上有注册商标，无须跨类保护的，不必对驰名商标做出认定。在某案例中，法院认为，保护合法权利不受侵害是司法认定驰名商标的一个原则。本案中原、被告生产、经营的是同类产品，原告又以商标侵权提起诉讼，原告只要证明被告产品的商业标识与原告的注册商标之间存在相同或相似之处，即可获得同等程度的法律保护。故结合本案的实际情况，本院对“CAMOGA”商标是否为驰名商标在本案中不做认定。
第二，请求保护的商标虽然达到驰名商标的认定标准，但不具备《商标法》第十三条规定的其他要件的，无须再认定是否构成驰名商标。《最高人民法院关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》规定，被诉侵犯商标权或者不正当竞争行为因不具备法律规定的其他要件而不成立的不需要进行驰名商标认定。 这里涉及对《商标法》第十三条驰名商标保护条件适用顺序的理解。《商标法》对驰名商标的保护大致规定了三个要件：一是商标构成驰名；二是具有摹仿、复制与翻译行为；三是容易导致混淆或误认，使权利人的利益可能受到损害。实践中的主要争议是是否需要先判断存在驰名商标，然后才考虑混淆或误认问题，还是如果不存在混淆或误认就不需要考虑驰名商标问题了。在吉百利英国有限公司诉商标评审委员会等商标异议复审行政纠纷案中，法院认为，只有先对在先的注册商标是否驰名做出判断，才能确定《商标法》第十三条有无适用的可能与必要，进而才需要也才能够对诉争商标是否系复制、摹仿或者翻译他人已经在中国注册的驰名商标，以及诉争商标的注册是否会因误导公众而损害该驰名商标注册人的利益做出判断。
在某案例中，最高人民法院认为，要判断被异议商标是否构成《商标法》第十三条规定的不予核准注册并禁止使用的情形，首先应该确定被异议商标是否构成对驰名商标的摹仿、复制；在能够认定的情况下，才需要进一步判断其注册和使用是否会误导公众。
在某案例中，法院认为，《商标法》第十三条规定，就不相同或者不相类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人已在中国注册的驰名商标，误导公众，致使该驰名商标注册人的利益可能受到损害的，不予注册并禁止使用。判断被异议商标申请注册是否违反该规定的前提之一，是判断被异议商标是否构成对原告所主张的驰名商标的复制、摹仿或者翻译。本案中，原告主张其注册使用在“电冰箱”商品上的引证商标“新飞”构成驰名商标，将被异议商标“新飞船”与“新飞”相比，二者在呼叫、含义上存在明显区别，“新飞船”虽然在形式上包含了“新飞”，但“新飞船”相对于“新飞”明显已经形成了新的含义，故被异议商标并未构成对原告所主张的“新飞”驰名商标的复制、摹仿。因此，被异议商标申请注册未违反《商标法》第十三条的规定。
在另一案例中，法院认为，驰名商标的认定应当遵循个案认定、被动认定和按需认定的原则。同时结合在案证据，对确属我国境内为相关公众广为知晓的商标给予相应的保护，并且在考虑《商标法》第十四条规定的各项因素时应当综合予以认定。本案中，虽然万科公司所提交的2005年商标局认定“万科”商标为驰名商标的证据，可以作为引证商标使用在不动产出租等服务上受保护的记录予以考虑，同时结合万科公司所提交的其他引证商标使用、宣传以及所获荣誉等方面的证据可以证明引证商标在不动产出租等服务上具有较高知名度，但由于被异议商标指定使用的兽医用药等商品与引证商标据以知名的不动产出租等服务在功能、用途、销售渠道、销售场所以及消费对象等方面差距较大，被异议商标使用在其指定的商品上，不易导致相关公众的混淆、误认，且万科公司所出示证据亦不足以证明被异议商标的使用会淡化引证商标的识别力，故并不导致万科公司的利益受损。因此，一审判决及第25296号裁定此部分认定正确，万科公司关于被异议商标的申请注册违反《商标法》第十三条规定的上诉理由缺乏事实及法律依据，本院不予采纳。 从法理上，第十三条的适用应有严格的顺序要求，否则会导致后面的混淆或误认的判断出现偏差。原因在于驰名商标的保护范围应与知名度一致，因而没有确定知名度就无从确立保护的范围。但如果案件中商标之间确实存在显著差异、商品也无任何关联性，法院可以依据按需认定原则决定不对驰名商标进行认定。
第三，适用其他法律规范可以为商标权人提供救济的或者案件处理不以驰名商标为事实依据的，对于请求保护驰名商标不予审查。当事人除提出驰名商标保护的请求以外还提出了其他的主张和理由，其他主张、理由成立自然无须认定驰名商标。如果案件处理与是否认定驰名商标无关，亦无须认定驰名商标。
另外，值得注意的是，与已经注册的驰名商标核定使用商品构成相同或者类似的商品的近似商标，亦应当纳入驰名商标保护的范畴中，只不过，当被控侵权商标是相同或类似商品上的未注册商标时，通过《商标法》其他条款足以保护，为防止驰名商标制度被滥用和异化，基于驰名商标“按需认定”原则，法院此时不需要再认定驰名商标；当被控侵权商标是注册商标时，法院无法直接受理两注册商标之间的权利冲突，必须依法审查在先注册商标是否符合驰名商标条件，确实符合的，才能依据《商标法》第十三条进行审理并裁判，此时认定驰名商标既具有法律依据，也具有必要性。
在迪尔公司诉约翰迪尔(北京)农业机械有限公司等三被告商标侵权及不正当竞争案中，二审法院认为，当注册商标与相同或者类似商品上在先已注册的驰名商标发生冲突时，法院有必要依法进行驰名商标认定，进而适用《商标法》第十三条第二款进行审理。这源于对于两注册商标之间的冲突，2008年《最高人民法院关于审理注册商标、企业名称与在先权利冲突的民事纠纷案件若干问题的规定》第一条第二款曾规定，原告以他人使用在核定商品上的注册商标与其在先的注册商标相同或者近似为由提起诉讼的，法院应当告知原告向有关行政主管机关申请解决。
为加大对驰名商标的保护力度，针对在后注册商标与驰名商标间的冲突，2009年《最高人民法院关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》第十一条规定：“被告使用的注册商标违反商标法第十三条的规定，复制、摹仿或者翻译原告驰名商标，构成侵犯商标权的，人民法院应当根据原告的请求，依法判决禁止被告使用该商标。”这一规定源自商标法第十三条：对于侵害驰名商标的在后商标，除“不予注册”外，还应“禁止使用”。基于此，法院给予驰名商标所有人禁止在后注册商标使用的民事救济，符合商标法为驰名商标提供相对强保护的立法本意。因而，如果被认定为驰名商标，两个注册商标之间的冲突就无须等待行政机构解决，法院直接可以做出禁止使用的判决。