驰名商标的认定模式包括司法认定与行政认定、主动认定和被动认定等模式。一般而言，各国都在商标审查与争议以及侵权裁决中认定是否存在驰名商标，从而确定争议商标的保护范围。我国先前对驰名商标的保护采取“主动认定为主，被动认定为辅”的基本保护模式，通过“大量认定、全面保护”的方式来保护驰名商标权人的利益。在这种模式下，商标权人可以主动要求工商总局进行驰名商标认定，工商总局每年也进行批量的驰名商标认定。然而，随着对驰名商标认知的提升，我国现已基本放弃对驰名商标的主动认定模式，回归到广泛认可的被动保护、个案保护模式。 商标管理程序中的驰名商标认定主要是工商局在处理商标违法案件过程中，当事方要求对其商标提供驰名商标保护。通过此方式，由商标局进行驰名商标的认定。
涉及驰名商标保护的商标违法案件由市（地、州）级以上工商行政管理部门管辖。当事人请求工商行政管理部门查处商标违法行为，并依照《商标法》第十三条规定请求驰名商标保护的，可以向违法行为发生地的市（地、州）级以上工商行政管理部门进行投诉，并提出驰名商标保护的书面请求，提交证明其商标构成驰名商标的证据材料。
当事人请求工商行政管理部门查处商标违法行为的，工商行政管理部门应当对投诉材料予以核查，依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的有关规定决定是否立案。决定立案的，工商行政管理部门应当对当事人提交的驰名商标保护请求及相关证据材料是否符合《商标法》第十三条和第十四条、《商标法实施条例》第三条以及《驰名商标认定和保护规定》第九条规定进行初步核实和审查。经初步核查符合规定的，应当自立案之日起三十日内将驰名商标认定请示、案件材料副本一并报送上级工商行政管理部门。经审查不符合规定的，应当依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的规定及时做出处理。
省（自治区、直辖市）工商行政管理部门应当对本辖区内市（地、州）级工商行政管理部门报送的驰名商标认定相关材料是否符合《商标法》第十三条和第十四条、《商标法实施条例》第三条以及《驰名商标认定和保护规定》第九条规定进行核实和审查。经核查符合规定的，应当自收到驰名商标认定相关材料之日起三十日内，将驰名商标认定请示、案件材料副本一并报送商标局。经审查不符合规定的，应当将有关材料退回原立案机关，由其依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的规定及时做出处理。
商标局经对省（自治区、直辖市）工商行政管理部门报送的驰名商标认定相关材料进行审查，认定构成驰名商标的，应当向报送请示的省（自治区、直辖市）工商行政管理部门做出批复。
立案的工商行政管理部门应当自商标局做出认定批复后六十日内依法予以处理，并将行政处罚决定书抄报所在省（自治区、直辖市）工商行政管理部门。省（自治区、直辖市）工商行政管理部门应当自收到抄报的行政处罚决定书之日起三十日内将案件处理情况及行政处罚决定书副本报送商标局。 当事人依照《商标法》第三十三条规定向商标局提出异议，并依照《商标法》第十三条规定请求驰名商标保护的，可以向商标局提出驰名商标保护的书面请求并提交其商标构成驰名商标的证据材料。按照《商标法》的规定，此处的异议人只能是在先权利人和利害关系人，也就是说，只有他们可以通过此方式申请驰名商标的认定。此处驰名商标的认定主体仍然是商标局。 当事人在商标不予注册复审案件和请求无效宣告案件中，依照《商标法》第十三条规定请求驰名商标保护的，可以向商标评审委员会提出驰名商标保护的书面请求并提交其商标构成驰名商标的证据材料。此处驰名商标的认定主体为商标评审委员会。
在不予注册案中申请驰名商标的认定，主要是异议人认为自己商标构成驰名商标的情况。而无效宣告程序中的驰名商标认定主要涉及他人对其驰名商标的抢注或复制、模仿等。 中国先前主要是通过行政手段进行驰名商标认定，但随着司法认定标准的放宽，一些企业更多通过司法途径进行驰名商标认定，这导致驰名商标司法认定的泛滥。最高人民法院也认识到驰名商标认定中的问题，2009年颁布了《最高人民法院关于涉及驰名商标认定的民事纠纷案件管辖问题的通知》以及《最高人民法院关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》，此后，驰名商标的司法认定逐步走向正轨。特别是新修订的《商标法》颁布后，驰名商标司法认定中的异化问题已经大大减少。
按照有关司法解释的规定，涉及驰名商标认定的民事纠纷案件，由省、自治区人民政府所在地的市、计划单列市中级人民法院，以及直辖市辖区内的中级人民法院管辖。其他中级人民法院管辖此类民事纠纷案件，须报经最高人民法院批准;未经批准的中级人民法院不再受理此类案件。
驰名商标的认定应根据当事人的申请。司法认定以必要性为原则，也就是说，当案件的裁判以认定商标是否构成驰名为前提条件时才对其进行认定。另外，驰名商标的认定是事实认定，而且这一事实只具有个案约束力，且当事人不能对之进行宣传。