商标查询仅仅是作为商标注册申请时的参考依据，并不能决定商标是否可以取得注册，因而并不是商标是否能注册的法律依据。应当清楚，査询就是查询，并不是审查，即便是审查也并不能百分之百决定商标是否能注册，从程序上说，审查的结果也受驳回复审或者异议等程序的考验。然而，这并不是说商标代理机构可以不对自己提供的服务负责，也并不是说商标注册委托人不对自己的委托事项享有任何的权利。委托人在与代理办好有关注册手续、交付费用后，双方即建立商标注册委托合同关系。因此，商标代理有义务认真、及时地完成双方合同约定的注册任务。
对于商标代理公司在注册中出现的问题和相应的责任，可以分为两类：（1）因不可抗拒原因导致，而非本身过失或过错。由于注册过程中的非人为因素，如商标查询中的客观局限性，所导致经过查询的商标，在实际申请过程中被驳回，注册公司通常不应当承担责任，除非双方另有约定。（2）由于代理工作过失或过错而导致的，如查询人员查询过程中失误玩忽职守和管理中出现的问题，这些问题并不是不可抗拒因素造成的，则应当根据情节程度，承担相应违约责任。 然而，商标代理机构究竞承担什么责任，值得探讨。有三种观点：
一是主张仅仅承担代理费用即可，因为注册部门仅仅赚取此费用，而且提供的查询结果也仅仅是参考依据。注册部门并不知道委托人是否申请注册商标和将商标投入实际使用， 也因此不必承担其他责任，如官费损失、实际商品经营过程中的损失，如广告投入、商品的促销和回收等等。
二是主张承担一切损失，不仅仅是商标注册中的费用，还应当包括由于商标的使用而造成的所有损失，比如广告等商品经营活动中的损失，因为所有这些损失都是由商标注册机构的失误造成的。
三是主张承担商标注册费用与注册申请引起的官费的赔偿责任，而不必承担商标使用过程中可能产生的广告或者其他经营费用，除非双方另有约定或者存在违法行为，或者未尽告知义务。
这里以第三种的方式确定商标注册部门违约责任比较妥当。首先委托人与注册部门就商标注册所形成的法律关系是服务合同关系无疑。按我国《合同法》第113条规定，履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失的赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立时预见到或者应当预见到的因为违反合同可能造成的损失。商标注册部门的失误属于履行合同不符合约定，应当承担违约责任。《合同法》规定损失的赔偿范围以违约所造成的损失。因此，委托人由于商标注册部门的失误而导致商标查询费用、商标注册申请费用和商标在投入使用后的费用都可以视为委托人由于注册部门的违约而造成的损失范围。
然而，《合同法》该条又规定，损失的赔偿额不得超过违反合同方订立时预见到或者应当预见到的因为违反合同可能造成的损失。因此，这里必须分清上面的损失，哪些是在订立商标注册合同时可以或者应当预见到的，哪些是不可能预见到的。如果由于商标代理机构的失误导致商标未能注册，商标查询完全不存在参考价值，代理的作用未能发挥，显然是由于违约给委托人造成了费用的损失，这是注册失误的最直接后果。而且商标代理应当预见到委托人通过商标查询后是非常可能依照查询结果做出是否申请商标注册的决定，代理机构的查询判断负有直接责任。 对于商标使用过程中，由于商标未能取得注册而导致的广告销售方面的损失，虽然也有一部分查询失误，导致商标不能注册而造成的损失，然而，这可能不属于代理机构可以预见到的损失范围：
（1）商标查询仅仅具有参考意义，并不意味着商标可以合法地使用，并不意味着商标的使用不会对于他人造成侵权。因此，当事人在使用未注册商标时客观上存在一定风险，申请人应当为自已使用未注册商标的风险承担一定责任；
（2）商标查询的最直接的目的是确定商标注册的可能性，而不是作为商标能否使用的依据。除非双方另有约定，代理机构只能预见到委托人可能依据查询的结果做出是否申请商标注册的决定。而仅仅依据查询结果就对商标进行广告宣传和商品促销，将其投入实际商业使用，恐怕就不是商标代理公司可以预见到的，尤其是大量的商业使用，更是不可预见的。因此，对于由此造成的损失，代理机构可能不必承担责任。