虽然商标查询是通过国家工商总局下属的事业单位来完成的，而不是直接由审查员来完成，然而，其检索的数据库就是商标局商标注册档案数据库，在判断近似问题上，采用的方式与准则也与商标局的商标注册审查准则相同，只是由专业的查询人员执行。因此，从理想的情况看，商标近似的查询结果与商标的审查结果应当一致。然而，实际上，商标审查结果与商标查询结果不一致的情况并不少见。
1.客观方面 （1）时间差
商标往往是在查询后才向商标局提出申请注册，因此，同一商标申请的时间要比商标查询的时间晚。而商标局的数据库由于不断有新的商标进入，会不断进行更新。因此，商标申请时的数据库中的数据可能已经与查询时的数据不同，此时商标就可能与新进入数据库的商标相同或者近似，从而出现在查询阶段未发现相同和近似商标的商标注册申请被驳回的情况发生。
（2）程序上不可避免的缺陷
在查询时，一些先申请的商标处于补正过程中，在数据库中同样不能反映，在查询中就不可能检索到此类相同与近似的商标。然而，一旦这些商标完成补正工作，则其在先申请得到确认，在后申请的相同或者近似商标都应当驳回。此类商标的存在，也可能导致在查询时未发现相同或者近似的商标，而在审查阶段发现相同或者近似的商标被驳回的情况。 （3）商标审查系统的固有缺陷
由于汉字的发音与字形的千变万化，尤其是还有繁体字和各种各样的字体，使得一些商标之间的近似情况有时会变得非常复杂，无法完全事先预测，并在审查系统设计中加以考虑。这就可能造成在查询时未发现的商标，在审查或者其他程序中，被发现有近似商标。当然，我们希望商标局能不断更新与改进商标审查系统，使其更加完善，减少此类问题的产生。但是彻底消除恐怕不现实。
（4）商标审查与查询在考察商标的内容上不同
商标查询主要仅就当事人希望申请注册的商标与在先注册和在先申请的商标相同与近似情况进行检索，通常不对商标是否符合《商标法》所规定的其他方面进行考察。不考察商标的显著性或者识别性，不考察商标是否直接表示商品的功能、质量等等。而商标审查除了要考察商标与已注册或者申请在先的商标相同或者近似的情况，还要全面考察商标的显著性、是否直接表示商品质量等等其他规定。因此，已经检索查询的商标并不能保证其不违反《商标法》的其他规定而被驳回。
2.主观方面
商标查询人员与审查员并非同一人。目前商标查询是由国家工商总局下属的一个事业单位承办，而商标审查是由商标局审查员完成，两个单位的人员不同，虽都按相同商标审查准则来判断商标的相同与近似，但由于不同的人知识背景、水平、结构的不同、经验的差别，以及对于事物看法的差异，都可能会造成查询员与审查员在审查准则的具体掌握上存在差异，从而造成查询员认为某些不近似的商标，在审查员看来却构成近似，反之，一些查询员认为近似的商标，在审查员看来却不构成近似。