驰名商标司法认定的目的是为了激励社会经济进步，维护使用该商标的商品或服务的相关公众利益，防止对该商标的混淆、淡化或不当利用，从而达到维护商标专有权人的权利、维护诚实守信者的利益并实现市场自由与公平相平衡之目的。当前我国驰名商标司法认定和行政认定还是存在区别的：
（１）两者的主体不同。根据我国法律规定，驰名商标的司法认定由审理商标民事纠纷案件的中级以上人民法院管辖；驰名商标的行政认定由我国国家工商行政管理总局商标局或商标评审委员会来认定。
（２）两者在同一个案中的效力不同。根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》的第二十二条第三款规定：“当事人对曾经被行政主管机关或者人民法院认定的驰名商标请求保护的，对方当事人对涉及的商标驰名不持异议，人民法院不再审查。提出异议的，人民法院依照商标法第十四条的规定审查。”在同一个案中，司法认定权的效力高于行政认定权的效力。
（３）两者适用范围不同。就当前我国驰名商标司法认定制度而言，我国法院有权对注册商标是否驰名进行认定，但法院的认定只限于注册商标而对于未在中国注册的商标的驰名性是否有权进行认定，立法还不明确。而根据我国以上规定，我国商标局或商标评审委员会对注册商标和未注册商标是否驰名都可以进行行政认定。
（４）两者的救济途径不同。就驰名商标司法认定而言，当事人如果不服一审法院的认定结果，其可以在裁判未生效时通过上诉或在裁判已经生效后通过再审程序申请重新认定；而对于仅对驰名商标的行政认定结果可否提起行政诉讼，目前法律没有明确规定。
（５）认定的效力不同。针对同一个案，司法认定的效力高于行政认定的效力，即当事人对驰名商标行政认定的结果不服的，可以提起行政诉讼，法院对涉及驰名商标认定的具体行政行为的合法性进行审查，而且可依法撤销该具体的行政行为。