２００１年７月１７日，最高人民法院公布《关于审理涉及计算机网络域名民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》，赋予人民法院依法认定驰名商标的权力。其后，２００２年１０月１２日，最高人民法院公布《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》，对司法认定驰名商标做出了更加明确具体的规定，初步确立了法院对驰名商标进行司法保护的审判机制。自２００１年７月至２００５年１０月，人民法院共依法认定了７１件驰名商标，其中涉及权利人为外国人的驰名商标有６例。
２００３年国家工商行政管理总局颁布《驰名商标认定和保护规定》，同时废止《驰名商标认定和保护暂行规定》。新规定改变以前批量认定驰名商标的做法，采用了“被动认定”“个案认定”的原则，突出了对驰名商标的保护，淡化了对驰名商标的管理。２００４年，国家工商总局商标局和商标评审委员会共认定了１５３件驰名商标，其中包括外国企业的商标２８件。
至此，我国现在已经形成了驰名商标行政认定和司法认定并存的格局。
２０１３年８月３０日修改的《商标法》将第十四条修改为：“驰名商标应当根据当事人的请求，作为处理涉及商标案件需要认定的事实进行认定。”其中：
“在商标注册审查、工商行政管理部门查处商标违法案件过程中，当事人依照本法第十三条规定主张权利的，商标局根据审查、处理案件的需要，可以对商标驰名情况做出认定。”
“在商标争议处理过程中，当事人依照本法第十三条规定主张权利的，商标评审委员会根据处理案件的需要，可以对商标驰名情况做出认定。”
“在商标民事、行政案件审理过程中，当事人依照本法第十三条规定主张权利的，最高人民法院指定的人民法院根据审理案件的需要，可以对商标驰名情况做出认定。”新《商标法》对驰名商标的认定，坚持“被动保护、个案认定”的原则，规定只有商标局、商评委及人民法院在具体案件审理过程中才能认定驰名商标，而且对于驰名商标的认定，做出了判断依据，比如公众对该商标的知晓程度是否够高、该商标使用持续时间及宣传工作的持续时间、作为驰名商标受保护的记录等。
如何统一驰名商标不同认定机构和共同认定标准则是个难题，可以预见，认定机构的分散与认定标准的不一致，有可能造成驰名商标的驰名度备受质疑，名牌满天飞的局面，这样一来将会严重损害中国的自主品牌，损害我国商标名牌战略的实施。
２０１３年修改的《商标法》第十四条的规定表明，经修改后的２０１３年《商标法》仍然坚持“个案认定、被动保护”的原则，明确持有人认为其权利受到侵害时，可以依照本法规定请求驰名商标保护；仍然坚持驰名商标认定双轨制，明确规定只有商标局、商评委及法院在具体案件审理过程中才能认定驰名商标，作为对相关商标持有人权利受到侵害时的保护；驰名商标的认定应当根据当事人的请求，作为处理涉及商标案件需要认定的事实进行认定；商标局、商标评审委员会、法院不能主动去认定驰名商标，只有当事人在商标案件中提出保护其驰名商标的申请，并且确有必要，才可以依法在个案中认定驰名商标，适用相应的规定。