TRIPS的第１６条是主要的商标保护条款，该条解释了其与巴黎公约１９６７年文本的第６条之二的关系。该条表明，TRIPS各成员国在承认巴黎公约相关义务的基础上，有义务扩大对驰名商标的保护力度。
该条第１款表明商标侵权的判定没有逾越混淆的范畴。但是，与巴黎公约第６条之二不同，该款对于注册商标的保护是以“混淆的可能性”（likehoodofconfusion）为标准，并不需要实际的混淆。而巴黎公约第６条之二对于未注册驰名商标的保护是以“产生混淆”（createconfusion）为标准。因此，TRIPS对于未注册驰名商标的保护，远没有注册商标（无论驰名与否）那么周全和严格。
该条第２款明确了对于驰名商标的保护不仅适用于商品商标，也适用于服务商标上；同时对驰名商标的判定给予了一定的指引，即不仅考虑相关公众对该商标的知晓程度，也包括宣传而使该商标为公众知晓的程度。
该条第３款则明确了注册的驰名商标的跨类保护原则。即对于注册驰名商标来说，即使他人是使用在不类似的商品或者服务上，只要这种使用暗示使其与商标权人有某种联系，或者对商标所有权人的利益造成损害，就应该被禁止。一般认为，这一款与商标淡化保护最为相关。
从文本看，适用第３款有三个条件：
第一，所述商标必须注册，由于商标注册并非巴黎公约第６条之二适用的必要条件，而TRIPS第１６条第２款也没有注册要求，因此该款与第２款的未注册商标保护明显不同。
第二，在不同类别的商品或者服务上的使用应表明与注册商品或者服务或者商标权人之间有特定联系。由于该条原文表述为拉丁语“mutatismutan‐dis”，这一条可以解释为，使用应该表明与商标权人具有某种联系和混淆的可能性同时存在。
第三，仅在注册商标权人利益可能受损的情况下才给予保护。该款的立法历史显示，在TRIPS前的brussels草案中，这一句的表述是：“只要与商品或者服务的该商标的使用可能不公平地表明这些商品或服务与注册商标权人之间的关系”。不过，一些成员国认为，“不公平地”（unfairly）表述不准确，最终这一表述被修正。
该款是否意味着承认了商标淡化保护，以及在何种程度上的承认，还存在不同的理解。一种观点认为，“useofthattrademark”的表述意味着，第１６条第３款下的驰名商标的保护局限于等同保护，仅在冲突标志与驰名商标相同并且实际使用的情况下才适用。这种理解显然认为该款的适用局限在非常狭窄的范围。
一种观点认为，美国是该条的力倡者，在对该条文进行立场阐述时也表明其立法的目的是防止驰名商标的淡化。但欧盟的立场导致最终的文本中没有出现美国最初建议的商标淡化（dilution）字眼。
由于EC在TRIPS谈判中的积极作用，有观点认为该条就是将巴黎公约中对驰名商标防止混淆的保护的第６条之二，与EC对于驰名商标防止淡化以及商誉的不当利用这两者的合并。但一些学者认为这是一种误解。一些学者因而认为，对欧盟成员国来说，至少应该在其欧共体商标指令中的第５款２项之外，补充一条款来满足TRIPS该款的要求。
但是，该条保护的目的是商标的声誉，其立场是偏向商标权人，却没有太多分歧。因为这一款原本可以声明是为了保护商标权人，或者消费者，或者两者，但是文本的用语指向的是商标权人。
由于在WTO下的争端解决机制下还没有针对第１６条第３款的案例出现，因此TRIPS是否采取了淡化理论，或者说关于第１６条第３款的正确理解，并没有明确答案。但是由于TRIPS只提供了各成员国对商标保护的最低标准，其并不排斥各成员国在国内法里设立更为宽广的保护。
TRIPS对于驰名商标认定的指引是简单的，也并没有尝试对驰名商标做一个透彻的解释，它把这一问题留给成员国自行解决。