根据最高人民法院《关于审理商标案件有关管辖和适用法律范围问题的解释》的有关规定,商标行政诉讼的管辖分为两种情形:①不服国务院工商行政管理部门商标评审委员会作出的复审决定或者裁定的案件,由北京市高级人民法院根据最高人民法院的授权确定其辖区内有关中级人民法院管辖。此类案件现在是由国家工商行政管理总局所在地的北京市第一中级人民法院管辖。②不服工商行政管理部门作出的有关商标的具体行政行为的案件,根据行政诉讼法的有关规定确定管辖。此类案件的管辖具体介绍如下：
1.地域管辖
商标行政诉讼案件,由最初作出具体行政行为的工商行政管理部门所在地的人民法院管辖。
经复议的案件,复议机关改变原具体行政行为的,也可以由复议机关所在地的人民因不动产提起的行政诉讼,由不动产所在地人民法院管辖。
2.级别管辖
第一审商标行政案件除法律规定由上级人民法院管辖的以外,由基层人民法院管辖。
中级人民法院管辖以下第一审商标行政案件:①海关处理的案件;②对省级以上工商行政管理部门所作的具体行政行为提起诉讼的案件;③本辖区内重大、复杂的案件高级人民法院管辖本辖区内重大、复杂的第一审商标行政案件。
最高人民法院管辖全国范围内重大、复杂的第一审商标行政案件
3.移送管辖指定管辖及管辖权转移
人民法院发现受理的案件不属于自己管辖时,应当移送有管辖权的人民法院。受移送的人民法院不得自行移送。
有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的,由上级人民法院指定管辖。人民法院对管辖权发生争议,由争议双方协商解决。协商不成的,报它们的共同上级人民法院指定管辖。
上级人民法院有权审判下级人民法院管辖的第一审行政案件,也可以把自己管辖的第一审行政案件移交下级人民法院审判。下级人民法院对其管辖的第一审行政案件,认为需要由上级人民法院审判的可以报请上级人民法院决定。