1.对商标、商业秘密进行管理的工商行政管理机关。根据相关法律规定，国家工商行政管理总局是商标管理的最高行政机构，而县级以上地方工商行政管理局则是管理和执行地方商标事务的部门。我国《商标法》和《商标法实施细则》明确规定了工商行政管理机关在商标行政保护中的职责。《商标法》确认了国家工商行政管理部门下的商标局负责商标的管理事务，负责指导和主管全国商标权的行政保护和其他工作。需要着重提及的是，相关法律法规明确规定了各级工商行政管理机关在商标专用权保护工作中的权限，为有关部门依法进行商标及其专用权的行政保护提供了基础。同时，根据法律及规定，各级工商行政管理机关也是管理和执行商业秘密保护及相关事务的主管部门。
2.对专利进行管理的专利行政机关。根据法律规定，国家知识产权局负责主管全国的专利工作，其中包括相当部分行政保护方面的规定。我国《专利法》和《专利法实施细则》及其他相关规定，就专利的审查和批准的规定也为各级专利行政管理机关开展专利权的行政保护提供了依据，同时也具体明确了专利行政机关在专利行政指导、专利权的保护等工作中的权限。尤其是关于专利权的保护的具体规定，更加突出了对专利权的行政保护内容。
3.对著作权进行管理的国家版权局及地方相应主管部门。根据《著作权法》的规定，国家及地方版权局负责各自范围内的文学、艺术和科学作品的著作权管理工作。它规定了版权局在著作权管理中的职责，并有相当比重是规定各级版权局对著作权的保护内容。在这些内容中间，多数是版权局对著作权的行政保护方面的规定。我国专门出台了《互联网著作权行政保护办法》，该办法明确规定了著作权管理部门和有关行政机关对互联网著作权的行政保护职责和权限。
4.对知识产权进行综合性行政保护的重要机构———海关。海关是保护知识产权最重要的综合机构。《中华人民共和国海关知识产权保护条例》于2004年3月1日正式颁布实施。该条例明确规定了海关在知识产权备案、嫌疑货物处理、侵权行为查处等方面的权限，明确了海关依申请或依职权对知识产权进行保护的法律制度。条例的颁布实施将海关对知识产权的综合性行政保护工作推进了一大步。
5.其他知识产权行政保护的相关机关和部门。除上述主要负责知识产权行政保护的部门以外，仍有许多法定部门对相关知识产权的行政保护承担着重要职能。比如，农业部和国家林业局在法定职责范围内负责植物新品种的受理、审查、授权、管理和保护工作。此外，国家科技部负责管理全国科技成果、科技奖励、科技保密等相关知识产权保护工作。