知识产权行政保护制度，是指国家知识产权行政主管部门及相关管理机关在遵循法定程序和运用法定行政方法的前提下，依法对知识产权实施的行政保护及其所形成的体制，具体包括对知识产权的法律审查、处理各种知识产权纠纷、对知识产权违法行为的行政检查和行政处罚、针对知识产权保护工作制定发展战略、进行知识产权保护的行政指导、其他有关提高知识产权保护的社会意识和维护知识产权秩序的行政行为等。
我国现行的知识产权法律(如《专利法》、《商标法》、《著作权法》等)，多数规定了知识产权行政管理机构。我国知识产权行政管理机关依据法律规定的职权，制定知识产权发展战略，加强知识产权保护的行政指导，维护知识产权法律秩序，鼓励公平竞争，调解纠纷，查处知识产权的侵权案件，保障知识产权权利人的合法利益和良好的社会经济环境。
之所以要采取行政的方式来保护私权，主要是由于知识产权不同于一般私权———其本身包含公共利益元素，它需要承担促进科技进步、社会发展等社会责任。知识产权权利客体是一种“知识”，具有一定的无形性质，可以被无限多的人同时使用，而且其使用不会使“知识”本身受到损耗。因此，在某些情况下，权利人对其知识产权的处置方式会对国家的发展以及公众的利益带来不利影响。同时，对知识产权的不当使用及侵犯，会直接损害消费者等社会公众的利益，破坏正常的社会经济秩序。所以，国家应对一定情况下知识产权的行使(包括保护)进行干预。因此，对知识产权的保护，既是对私权的保护，也是对公共利益的维护。法律在设定知识产权保护制度时应充分注意到这一点。因此，知识产权保护制度应当建立针对知识产权公共利益内容的行政保护以实现政府对公共利益的维护职责。同时，知识产权的行政保护能够在全社会培养并提高权利人、社会公众保护知识产权、维护公共利益的意识，同时能够使政府主管机关、部门依法充分发挥引导、查处、垂范、监督等工作职能。
《与贸易有关的知识产权协议》(TRIPS，Agreement on Trade－relatedAspects of Intellectual Property Right)中有关知识产权行政保护的规定也说明了这一科学论证。世界贸易组织成员签订的《与贸易有关的知识产权协议》是各成员国进行知识产权保护实践必须依据和充分重视的国际条约。TRIPS承认知识产权是私权，也明确了知识产权的公共利益内容和行政保护制度。该协议在开篇就明确指出:“承认知识产权为私权;承认保护知识产权的诸国内制度中被强调的保护公共利益的目的，包括发展目的与技术目的。”这在确定知识产权民事私权属性的同时，旗帜鲜明地指出了知识产权中所包含的公共利益。该协议在第7条规定的目标中也明确:“知识产权的保护与权利行使，目的应在于促进技术的革新、技术的转让与技术的传播，以有利于社会及经济福利的方式去促进技术知识的生产者与使用者互利，并促进权利与义务的平衡。”
此外，运用行政手段对知识产权予以保护，还有以下几点必然性:
第一，这是发展经济、提升国家核心竞争力的必然要求。当今世界，随着知识经济和经济全球化的深入发展，知识产权日益成为国家发展的战略性资源和国际竞争力的核心要素，成为建设创新型国家的重要支撑和掌握发展主动权的关键。为了改变我国以往粗放型经济发展模式，转变经济发展方式，实现资源合理利用，减少环境污染和开发利用清洁能源，优化产业和产品结构，创立民族品牌，提升产品附加值，最终实现经济社会环境的协调快速可持续发展，必须健全知识产权制度，激励人们不断创新并将创新成果应用于实践中去，增强我国企业市场竞争力和提高国家核心竞争力。
第二，我国现实中对知识产权创造、运用、保护和管理制度还不够完善，自主知识产权水平和拥有量尚不能满足经济社会发展需要，社会公众知识产权意识仍较薄弱，市场主体运用知识产权能力不强，侵犯知识产权现象还比较突出，知识产权滥用行为时有发生，知识产权服务支撑体系和人才队伍建设滞后，知识产权制度对经济社会发展的促进作用尚未得到充分发挥。
第三，知识产权行政保护相对于司法保护具有自身的优点。知识产权行政保护具有积极主动性。由于行政权力具有主动性、单方性的特点，在知识产权行政执法方面，行政机关主动查处市场中侵犯知识产权的违法行为，能够有效地规范市场秩序和创造诚实信用的市场环境。知识产权行政保护具有高效性，相对于漫长的司法诉讼程序，行政机关作出行政行为的期限则非常短，能够有效迅速制止知识产权侵权行为，实现权利人利益的及时维护。
第四，国家知识产权战略出台，要求深化知识产权行政管理体制，形成权责一致、分工合理、决策科学、执行顺利、监督有力的知识产权行政管理体制。这更要求我国完善知识产权行政保护，提升机构及公职人员的服务意识和责任意识，提高管理部门的服务效率和执法部门的执法力度，深化行政管理体制改革，理顺各部门职权，完善权力交叉领域的权限分配以防止出现执法空白，加强部门间、区域间的行政执法的合作与协调，并且在条件成熟的情况下建立统一的知识产权管理机构，以统一执法标准，化解权利冲突，方便当事人寻找法律保护，优化行政资源配置，提高行政效率。