虽然企业知识产权管理和企业质量管理两者在管理对象和内容，以及对顾客概念的理解等方面存在差异，但两者都从属于企业管理体系，基本管理原则和方法应是通用的。管理对象和内容的差异，以及顾客概念理解上的不同，不会影响ISO9000族标准在知识产权管理体系上的适用。
（一）主要差异及影响
1．管理对象和内容的差异和影响
ISO9000族标准起源于对产品生产的管理，以保证企业产品质量稳定提高为目标，是针对质量管理体系的标准化要求，管理的对象是产品质量，管理内容涉及企业在产品和服务提供过程中的所有流程。ISO9001在产品实现环节对产品生产过程的质量管理体系提出了要求，这些要求适用于对有形产品的生产控制。知识产权管理的对象是知识产权，是无形财产权，而非有形产品，知识产权管理的内容是对知识产权的创造、取得、管理、维护和运用等各流程的管理。因此，ISO9000族标准在产品实现过程中规定的管理要求对知识产权管理没有直接适用的价值。
2008版ISO9000族标准认为产品是“过程的结果”，产品类别包括硬件、软件、流程性材料、服务或它们的组合，既包括有形产品，也包括无形产品。而且2008版ISO9000族标准提出的质量管理体系要求是通用的，适用于所有行业或经济领域，不论其提供何种类别的产品，当标准的任何要求因组织及其产品的特点而不适用时，可以对其进行删减。知识产权是无形的知识、精神产品，其创造和取得过程与有形产品的生产实现过程虽有不同，但在对知识产权创造和取得过程进行策划和设计时，也可以参考产品实现过程的某些过程设计。因此，由于知识产权管理和质量管理两者在管理对象和内容上的差异，将会对ISO9001中有关产品实现过程的要求进行必要删减，但不会影响标准的适用。
2．对顾客概念的不同理解及其影响
ISO9000族标准是以顾客为导向的管理标准，突出组织满足顾客需求和期望的内容。ISO9001质量管理体系下的顾客（Customer）是指接受产品的组织或个人，即外部顾客，是购买企业的产品或接受服务的真实顾客。一般来说，知识产权在企业是作为生产要素存在的，不是直接作为产品来对外销售，因此，不会出现外部顾客，除非企业本身是经营知识产权产品的，比如电影制片厂，其电影著作权即是其产品，或者企业使用其专利和商标对外进行许可使用，但这毕竟是知识产权管理的例外情形。绝大多数企业的知识产权管理，面对的是企业技术研发部门或其他创造知识产权的业务部门，或者外部政府知识产权管理机构，行政司法单位等，一般不会出现外部顾客。
过程方法是ISO9000族标准的基本管理原则，如果以过程管理来看，任何过程都有输入，也有输出，提供输入的一方可以视为供方，接受输出的一方可以视为顾客。适用ISO9000族标准对知识产权进行系统化管理，要以过程方法作为原则，知识产权管理的过程，既有供方的输入、也有对顾客的结果输出，因此，虽然顾客概念的理解存在不同，也不会影响标准在知识产权管理体系的适用。况且，2008版ISO9004标准把顾客要求扩大为利益相关方的要求，就包括了顾客、所有者、员工、供方、银行、工会、合作伙伴或社会等各类主体，对知识产权管理而言，管理涉及的所有相关方，都属于利益相关方的范围，自不存在适用上的问题。
（二）ISO9000族标准运用于知识产权管理体系的价值
根据以上对知识产权管理和质量管理的主要差异及其影响进行的简要分析，这些差异不会影响ISO9000族标准在知识产权管理体系中的运用。ISO9000族标准的其他管理原则和方法，基于其通用性，也不存在对企业知识产权管理的排斥，完全可以直接适用于企业知识产权管理体系的构建。企业知识产权管理体系导入ISO9000族标准的管理原则和方法，还存在以下的积极意义。
1．提升知识产权管理的战略作用
ISO9000族标准采用系统化管理原则，特别强调领导者在体系中的作用，要求领导者制定并保持质量方针和目标。在知识产权管理体系中导入ISO9000族标准的管理原则和方法，必然要首先从领导者的观念和认识改变入手，只有使企业领导者对知识产权的价值和作用有了充分的认识，才会有推动体系再造的动力和保障。企业领导者应当充分认识到知识产权管理在企业管理中的重要性，将知识产权管理提升到企业战略的高度，根据企业现有知识产权状况，制定出适宜的知识产权方针和目标，确立知识产权战略，提供资源保障，明确知识产权管理机构的权责，建立知识产权管理体系。
2．制定明确的知识产权目标
没有目标，就没有工作的方向。目前多数企业知识产权管理都存在目标不明的问题，管理的关注点偏向于事务处理、权利维护和风险防范等方面，没有量化的工作目标。导入ISO9000族标准，就需要企业制定具体而明确的量化目标，对专利申请和拥有量、商标拥有数量、商业秘密的具体化等，用于知识产权创造的资金投入额度等，都可以根据现状，结合知识产权战略，提出中长期规划和具体可行的年度工作目标，通过全员参与和激励机制，促进企业知识产权量和质的逐步提高。
3．实现企业管理机构的有效整合
企业知识产权管理体系导入ISO9000族标准的管理原则和方法，并非要打破企业现有的管理机构，而是强调在现有管理机构的基础上，重新划分知识产权管理的权责，充分调动各部门的积极性，通过流程和管理机制，加强部门协调和合作，做到全员参与，有效整合现有的管理资源，提升知识产权管理和使用效益。
4．增强企业核心竞争力
企业对知识产权进行系统化管理的目的，是为了增强企业的知识产权创造能力和提升使用效益，管理只是手段而非目的。企业知识产权创造能力的提高，会带来知识产权占有的增加，知识产权使用效益的提高又能增强企业产品的竞争力。最终企业通过知识产权管理能力的提升，可以实现企业知识产权资源价值的增值，增强企业的核心竞争力。