知识产权行政保护与司法保护的优劣之处各异，往往行政保护的优势恰恰是司法保护的劣势，而行政保护的不足却正是司法保护的长处。
首先，关于公权力的介入方式，行政保护更具主动性，公权力的介入更为积极，从而更易发挥公力保护的作用;而司法保护具有完全的被动性，公权力体现为居中的裁判，从而保护作用的实现更依赖于当事人在诉讼中的作用。
行政保护程序，无论是主动启动还是被动启动，行政机关为查明事实，都可以在程序中积极履行一系列的职权。比如，《商标法》第55条即明确规定，县级以上工商行政管理部门在对涉嫌商标侵权的行为进行查处时可以行使的职权范围。因此，在行政保护程序中，行政主管机关可以积极地介入，充分履行其行政职权，其主动性得以充分地发挥，这种公权力的作用的发挥更利于事实的查明，从而保护权利人。
行政保护的上述优势恰恰是司法保护的劣势，因为司法保护是完全被动的，在司法诉讼的程序中，法院的角色是居中的裁判，无论是事实的查明，还是侵权与否的判断，法官的裁判都是依据双方当事人的相关主张、抗辩以及证据而作出的;而起诉方，即知识产权被侵权方根据“谁主张谁举证”的原则，承担着更沉重的主张和举证的责任。是否能实现对知识产权的保护，更依赖于当事人在诉讼中的表现，起诉方诉讼经验的不足和细小的过失，都极有可能导致诉讼的失败，影响对知识产权的保护。
其次，关于所提供救济的作用方式，行政保护的救济手段对侵权人的惩罚有余而对被侵权人的补偿不足，而司法保护的救济手段对被侵权人具有补偿性，但对侵权人的惩罚不足，当然在侵权行为已经构成犯罪的情况下例外。
知识产权行政保护程序可以提供的救济手段很丰富，具有典型性的是罚款和没收、销毁制造侵权产品的工具和设备等。罚款对侵权人具有惩戒作用，而没收、销毁制造侵权产品的工具和设备，尤其是在侵权产品生产的设备和工具较为复杂和贵重的情况下，可以在一定程度上增加侵权人再次侵权的难度，从而降低侵权人再次实施侵权行为的可能性。知识产权行政保护的救济手段对侵权人的惩罚是较为明显的，而且对于防止侵权行为的再次发生也做出了一定的尝试和努力，但行政保护对被侵权人的补偿是不足的。已经发生的侵权行为给权利人造成了一定的损失，但该损失并不一定能在行政保护程序中得到赔偿，行政主管机关只能按照当事人的请求对赔偿的数额进行调解，而不能直接认定赔偿的数额并要求侵权人承担。因此，如果双方调解不成，仍需通过司法途径解决。
司法保护程序恰恰与行政保护程序相反，判令侵权人对被侵权人承担损害赔偿责任，是知识产权民事侵权诉讼的主要救济手段之一，因此，司法保护具有赔偿性。但司法保护的惩罚性是不足的。当然，对于已经构成犯罪的侵权行为，可以追究犯罪人的刑事责任，这比行政保护中所使用的惩罚更为严重。但在侵权行为没有达到犯罪的程度时(而这又是最常见的情形)司法保护的救济手段就仅具有补偿性，而不具有惩罚性，也未曾为防止侵权人再次实施侵权行为做出任何的尝试。
再次，关于保护程序运行的效率和效力，行政保护程序的运行效率高而效力低，司法保护程序的运行效率低而效力高。
行政保护程序中，行政处罚决定作出后即生效，即使在行政复议或者行政诉讼程序中，一般也不停止其执行。行政处罚作出后，一般会要求侵权人承担一定的行政责任，该行政处罚的执行即能在一定程度上为被侵权人提供救济，从而保护知识产权。因此，知识产权行政保护程序能够迅速地对知识产权侵权行为作出反应，效率较高。知识产权行政保护在具有效率高的优势的同时也具有效力低的劣势，行政保护程序作出的行政处罚决定要受到司法的审查，由法院对其合法性作出审查。
知识产权司法保护与行政保护恰恰相反，效率低但效力高。司法程序要经过两审终审，在二审期间一审判决是不生效的，被侵权人不能迅速得到相应的赔偿。因此，与行政保护程序相比，司法保护的效率是相对低的，不能如行政程序那样及时地对侵权行为作出反应。但司法保护作出的判决的效力较高，与行政行为接受司法审查相比，司法保护具有终局性，经过两审终审后，无须接受其他机关的相关程序的审查。