知识产权行政保护和司法保护的最直接的法律依据存在于各类知识产权的单行法规里，以商标权、专利权和著作权为例，《商标法》的第53～59条、《专利法》的第60～70条、《著作权法》的第46～55条分别规定了针对三种权利的行政保护和司法保护制度。知识产权行政保护和司法保护制度主要在保护程序启动的方式、保护程序可使用的救济手段和方式、保护程序运行结果的生效方式、保护程序运行结果的效力等方面有着不同的特点。
在保护程序启动的方式方面，行政保护的启动可以是依当事人的请求被动启动，也可以是由行政主管部门主动启动。而司法保护的启动方式是单一的，只能因他人起诉而被动启动。
在保护程序可使用的救济手段和方式方面，在行政保护程序中，侵权人承担的行政责任的具体形式非常广泛多样，比如，对于商标侵权行为，工商行政管理部门在进行处理时，可以责令立即停止侵权行为，可以没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，可以处以罚款。在司法保护程序中，法院依据原告或者公诉机关的请求，可以判令侵权人承担刑事责任和民事责任。刑事责任的具体形式包括有期徒刑、拘役、罚金，其中罚金可以单处，也可以与有期徒刑或拘役并处。民事责任的具体形式包括停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等。
在保护程序运行结果的生效方式方面，在行政保护程序中，行政主管机关作出的行政处罚决定，当事人应当在相应的期限内履行，即使该具体行政行为在行政复议或者行政诉讼程序中，一般情况下也不停止执行。在司法保护程序中，根据二审终审制，在上诉期间内，一审判决是不生效的，因此一审判决所决定的民事责任或刑事责任在作出效判决前不能履行。
在保护程序运行结果的效力方面，行政保护程序启动后，行政主管机关作出的行政处罚决定并不是终局性的，要受到司法的审查，由法院对该具体行政行为是否合法作出判决。而司法保护程序启动后，经过两审终审，司法判决是具有终局效力的，虽然在二审终审后仍有审判监督程序可以启动，但仍是在司法范围内，与行政保护程序中对结果的司法审查不可相比。