在评估理念方面，知识产权的司法保护和行政保护有着密切的联系。司法机关也具有公共服务机关的属性，对其评估也不能忽视其服务性。最高人民法院在司法统计工作中要求，要将全面调查为主的司法统计调查方式，改变为全面调查、抽样调查、重点调查并行的司法统计调查，不定期开展公众满意度、法院形象、审判社会效果等调查活动，为领导决策和把握审判动态提供参考。可见对司法机关的绩效考核指标，也应该纳入公众满意度、法院形象、审判社会效果等绩效指标。通过对此类指标的评估，强调法院的公共服务属性，增加法院的职能角色，改善法院运行机制，提高法院的服务质量。有的地方法院已经建立了个案评查、司法统计评估和社会综合评价体系三位一体的司法绩效综合评价体系，从而在实践中，将对法院的公共服务属性的评价纳入了绩效评估体系中。
同时两者的区别也比较明显。总体而言，司法保护重点体现了公共利益与私人利益的互相制约，行政保护重点体现的是个人权利对公共权力的制约。知识产权司法保护除了最大限度的保护权利人的权利，另外还通过对知识产权的限制，对公共利益和私人利益进行有效地平衡。而知识产权行政保护的主要理念就是保护知识产权。目前行政保护的主要任务就是在知识产权授权程序、确权程序、执法程序、纠纷解决程序中保护权利人的权利，对侵权行为进行打击。
行政绩效评估注重服务型政府的构建，而司法绩效评估却与此不同，司法的独特特征表现为:①以审判为中心;②以公平为灵魂;③以严格法定程序为表象;④以判断性为基本要求;⑤以权威性为重要标志。因此司法绩效评估要反映司法程序的特点。对司法的绩效评估，重点应评估司法审判的公平和效率以及司法审判的程序严格性。通过评估，促使司法审判提高司法公平和司法效率，促使法院严格遵循法定程序进行审判。
司法绩效评估理念与行政绩效评估理念的区别主要有:①前者以审判为中心，更加强调司法审判的公平性;②前者更加强调司法的中立性，只有保证最大限度的中立性，才能保证法院审判的公平性;③前者更加注重司法审判的效率，迟到的正义是非正义，在诉讼爆炸时代，只有提高审判的效率，才能解决迅速增多的经济纠纷;④前者更加注重法律监督，只有在充分的法律监督下，司法机关的司法行为才能更公平，公信力更高。加强对司法机关的法律监督也是社会主义法治理念的体现;⑤前者更加注重维护司法权威，用科学的指标衡量司法过程的优劣，避免民众用个案去评价和否定整个司法系统。综上，可以看出司法绩效的评估以促进司法公平和效率为核心价值，而行政绩效评估主要以促进服务性政府为核心价值，两者中间存在有很大的区别。无论是司法公平还是司法效率，其更多的是强调内向性价值调整。这是法院内部运行规律的要求，如在法定的审限期内审结案件，低改判率要求法院的审判更加公正，这都是法院内部运行所追求的价值。而服务型政府的建设是更注重本体与外界的关系，强调的是外向性价值，如政府要取信于民，要为民服务，对人民负责等等，其行为指向外部。
不同的价值取向会导致不同的绩效评价指标的设置。正是由于法院追求的是内向性价值，所以其绩效评估，更多的是考察法院的行为是否符合这些内向性价值。那么就不需要设置太多考察外向型价值的指标，如公众满意度，法院形象度等指标。而相反，行政绩效评估在考察资源投入与服务产出比的同时要尽可能多的设置公众满意度等价值指标，通过这些指标设计，促使其完成对外向性价值的追求。