根据《国家知识产权战略纲要》中提出的“发挥司法保护知识产权的主导作用”，评价和改革现有的知识产权司法保护制度、使之更趋于完善和高效，其重要性和紧迫性不言自明。知识产权司法保护在知识产权保护制度中发挥主导作用是国际惯例，但是我们在改革现行保护模式的过程中，不能轻信盲从，而必须以子课题四的知识产权司法保护绩效实证研究作为基础，才能使这一轮知识产权保护体制改革更有针对性并取得更好的效果。
一般认为，对知识产权的司法保护，是指对知识产权通过司法途径进行保护，主要是指由享有知识产权的权利人或国家公诉人向人民法院对侵权人提起刑事、民事诉讼，以追究侵权人的刑事、民事法律责任，以及通过不服知识产权行政机关处罚决定的当事人向人民法院提起行政诉讼，进行对知识产权行政执法的司法审查，以支持正确的行政处罚或纠正错误的处罚，使各方当事人的合法权益都得到切实保护。除此之外，法院通过对知识产权转让合同纠纷或许可使用合同纠纷进行审理，以维护相关知识产权权利人的合法权益，也是知识产权司法保护的重要内容。有观点认为，司法保护具有稳定性、专属性、效力的终级性，公平优先性及规范性的特点，注重对权利人的赔偿，能够防止行政力量对知识产权的过多干预。我国知识产权法律所具有的规范、引导、调节、保障等作用，主要还是通过人民法院的三大诉讼途径来实现的。
我们认为，知识产权司法保护，是指对知识产权通过司法途径进行保护，即由享有知识产权的权利人或国家公诉人向法院对侵权人提起民事诉讼、刑事诉讼，追究侵权人的民事、刑事法律责任，以及对不服知识产权行政机关处理的当事人提起的行政诉讼，进行行政执法的司法审查，使各方当事人的合法利益都得到切实的保护。对行政机关处理知识产权纠纷而作出的行政决定进行司法审查，是知识产权保护的重要组成部分，因为不论是在知识产权申请纠纷、效力纠纷、权属纠纷还是侵权纠纷中，行政机关执法过程中程序上或实体上的错误，均将影响权利人的合法权益。除此之外，法院通过对知识产权转让合同纠纷或许可使用合同纠纷的审理，维护相关知识产权权利人的合法权益，也是知识产权司法保护的重要内容。
我国知识产权司法保护实体法律制度的主要理念包括:
1.保护权利人的权利。知识产权最早起源于封建社会君主授予特定出版商的特权，但是在以后的发展演变中，知识产权的内涵和外延发生了很大的变化，最终各个国家发现以私权形态来保护知识产权，可以激励人们进行文化和科技的创新，于是纷纷建立知识产权制度，对知识产权进行保护。从知识产权的合理性角度，洛克基于自然权利的理论，认为正是因为人们在知识创造中付出了艰辛的劳动，所以获得私人财产权的重要途径以及人们获得私人财产权的合理性就是其劳动。就其权利属性而言知识产权已经被普遍认为是一种私权。在我国法律实证中，“知识产权在今天，至少在我国，是被当做一种民事权利对待的。它甚至是在我国的民法通则中被实实在在地规定在民事权利中。”而在国际公约中，《知识产权协议》明确界定知识产权的本质属性，以私权的名义强调了知识财产私有的法律形式。知识产权的私权属性决定了知识产权的首要目的是保护权利人的权利。知识产权是通过对平等和正义等价值的追求来实现对权利人的保护的。“知识产权法中当事人之间的权利义务对等以达到知识财富的公平和合理分享。公平、合理分享社会知识财富的权利义务分配模式在不同的知识产权法中虽然有不同的体现，但是实现对社会知识资源权威的公正分配、促进社会分配正义的利益平衡机制在知识产权制度中却始终是存在的;知识产权法通过分配权利和义务确立了知识产品资源分配的正义标准、正义模式、正义秩序;知识产权法中的公平与正义体现于专有领域与公共领域的划分及权利限制与反限制。”只有将知识产权纳入私权领域，为权利人筑起一道权利的藩篱，才能更全面、更有力的对知识产权进行保护。
2.平衡私人利益和公共利益。知识产权法的目的可以分为直接目的和最终目的，直接目的是保护知识产权人的经济利益和人格利益，最终目的是通过保护知识产权人的利益，促使其创作出更多文化和技术，促进知识和信息的广泛传播和有效利用，从而促进经济的发展和科技、文化的进步。因此知识产权尽管属于私权但是却具有二元价值，私人利益和公共利益不可避免就会发生冲突。知识产权法利益平衡的主要目标当然是合理确定知识信息的首创者或权利人与社会公众之间的权利义务关系，实现信息的私人占有与公众的信息利用权之间的协调，即平衡个人利益与社会公众之间的利益关系。著作权法、专利法、商标法中都存在大量的知识产权权利限制的制度，著作权合理使用制度、法定许可制度、专利的强制许可制度、专利的侵权豁免制度、为知识产权设定保护期限等一系列制度都是为了平衡公共利益和私人利益。