知识产权行政保护在发挥着自己独特作用的同时，也面临着一系列的问题。具体来说，第一，我国现行的知识产权管理体系存在多头执法现状。我国针对不同的知识产权客体分别设定了不同的行政主管部门。这些机关主要包括国家知识产权局、工商行政管理总局商标局、版权局、文化部等10个国家机关，分别负责管理专利权及集成电路布图设计权、商标权、著作权等众多知识产权领域。过多的行政主管部门不但会增加行政管理成本，且在实际运作方面容易出现行政管理效率低，出现部门之间相互推诿、扯皮，或者互相争夺管辖权的现象。
第二，我国知识产权行政管理任务量加重。由于我国企业的知识产权保护意识的增强及对技术创新、引进吸收的投入加大，他们对知识产权保护的诉求逐年增强，其中主要表现在专利、商标申请数量逐年增多，专利无效和商标争议、异议申请量增加，要求打击侵权盗版诉求强烈，这些都对行政管理机关的行政管理效率提出了更高的要求。再加之我国知识产权立法的不断完善，知识产权的保护范围不断扩大，加强知识产权宣传以提高全社会知识产权意识的要求，使得行政机关的职责范围不断扩大。
第三，知识产权行政保护也具有其自身无法克服的弊端。行政行为作出的程序性要求较低，例如只要求有初步证据证明侵权即可，缺乏双方的辩论对抗、公开透明度不高，可能造成执法错误而损害真正权利人的利益。行政管理的成本高昂。众多的行政管理机关及其内部的业务主管部门需要投入大量的人力、物力和财力，而知识产权是一项私权，其维权成本应主要由权利人承担，过高的行政保护水平相当于用所有纳税人的钱来保护个别权利人的私人利益。