1.知识产权的权利确认。通常来说，知识产权要获得法律的认可与保护，必须在符合法定条件的前提下通过知识产权行政管理机关的审查与核准。《专利法》、《商标法》、《著作权法》、《计算机软件保护条例》、《集成电路布图设计保护条例》等相关法律法规及规章分别就各自范围内知识产权的审查、授权、登记等方面作了详细规定。这些规定的实施，从一定意义上说是对知识产权进行行政保护的首要内容，同时也为进一步的知识产权行政保护奠定了基础。
2.知识产权侵权行为的调处和行政执法。根据法律规定，知识产权行政管理机关具有行政执法权。当知识产权受到侵害时，有权机关可以根据权利人的申请或根据发现的线索主动对侵权行为进行调查、处理。
当发生知识产权侵权纠纷时，权利人可以向侵权行为地或者侵权人住所地的知识产权行政管理机关提出保护其知识产权的请求。对于侵犯商标、专利、著作权等行为，有权机关可以责令侵权人停止侵权，可以没收违法所得，可以罚款，在必要时还可以收缴用于侵权的工具、设备，可以没收、销毁侵权产品及物品。
3.对知识产权纠纷的裁决处理。根据规定，知识产权行政管理部门可以对知识产权权利归属纠纷进行审查，有时在法律许可的范围内(如专利的复审)，还可以依法作出裁定。
同时，2001年以后修订的《商标法》、《专利法》、《著作权法》等都对知识产权的纠纷调解作出了规定。此后知识产权行政管理机关可以根据权利人的申请和要求，依法对知识产权纠纷、知识产权许可使用费用、损害赔偿数额等事项进行调解。国家工商行政管理局的《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》也明确规定:商业秘密权利人因损害赔偿问题向工商行政管理机关提出调解要求的，工商行政管理机关可以进行调解。