虽然在立法层面，我国知识产权法律制度不论是内容体系，还是保护力度，都可以说达到了国际先进水平，但是与西方发达国家相比，司法保护环境并不乐观。探其究竟，原因是多方面的，而且与知识产权的本质密切相关。知识产权是无形民事权利，权利人无法对其享有的知识产权做到真实有效的占有和控制，一旦权利被他人侵犯，调查取证和侵权认定比一般民事权利困难得多。另外，在审判环节，虽然根据现有诉讼法的规定和法院内部机构职能划分，知识产权案件归口民事审判庭，但是其案件审理难度和专业程度都比普通民事案件要高，反映出来的问题也更加复杂，因此真正提高知识产权司法保护水平任重而道远。在此，我们结合知识产权案件的特殊性，仅针对与程序设置相关的一些问题探究一二。
一、同一违法事实涉及多种诉讼程序，难以做到司法资源的合理有效配置
根据现行诉讼规则，知识产权权利人在其权利被侵害时可以得到三种法律救济，即通过民事诉讼、行政诉讼或者刑事诉讼程序追究侵权人的法律责任。在诉讼程序设置中，上述三种诉讼形式的价值目标、制度设计具有非常明显的区别。
知识产权的本质是民事权利，因此民事诉讼一直在知识产权权利救济途径中占主导地位。从责任承担上来看，民事诉讼以补偿原则作为确定损害赔偿数额的依据（我国现行各知识产权单行法均以权利人因侵权行为所受到的损失数额作为确定损害赔偿数额的最重要依据，只有当权利人的损失无法计算时，才可以适用其他方式），由于举证能力有限，权利人获得的赔偿数额可能远低于预期，不足以起到保护合法权益、遏制侵权行为的目的。另外，由于知识产权的无形属性，权利人可能对侵权行为的存在并不知晓，根据民事诉讼规则中的当事人适格理论，他人无法针对侵权行为主张民事救济，但可以向知识产权行政管理部门举报，由行政部门根据侵权行为具体情节施加行政责任，进而可能会引发相应行政诉讼。可以看出，在一个知识产权司法保护环境并不完善的社会，行政救济途径对于保障权利人利益不受侵犯、构建诚实信用的知识产权氛围具有重要的现实意义。另外，对于特别严重的知识产权侵权行为，单纯的民事或行政救济可能无法达到预期目标，权利人可以依据刑事法律提起刑事诉讼，以遏制犯罪、伸张正义。从价值目标来看，刑事责任只能施加于具有严重危害性的犯罪行为，是最严厉的法律措施，以惩罚犯罪、保护人民为立法目的，这与民事责任、行政责任具有明显区别。
由于三大诉讼形式各自具有独立的价值取向，其制度设置自然差别明显，因此我国长久以来在诉讼过程中遵循“三审分立”原则，刑事审判庭、民事审判庭和行政审判庭依据职能划分各司其职。但是，在知识产权案件中，同一违法行为可能同时涉及民事责任、行政责任和刑事责任，依据现有诉讼法的规定和法院内部机构职能应当交由不同审判庭进行审理，这种审判方式使得各审判庭之间缺乏必要的沟通交流，造成审判冲突，影响法院判决的权威性，浪费司法资源，增加当事人的诉累。为了解决这一问题，最高人民法院自１９９３年开展知识产权审判体制改革，北京市中级人民法院成立首家知识产权庭，尝试独立审理知识产权案件。２００８年，《国家知识产权战略纲要》正式发布，完善知识产权审判体制、优化审判资源配置、简化救济程序，被列入国家知识产权改革与发展的战略措施。２００９年３月，最高人民法院印发《人民法院第三个五年改革纲要》，确定要“探索设置统一受理知识产权案件的综合审判庭”。截至２０１３年年底，全国共有７个高级人民法院、７９个中级人民法院和７１个基层人民法院开展了试点工作。②２０１４年，知识产权法院成立以后，知识产权案件在民事和行政范围内初步实现了管辖权统一，而性质更为恶劣的刑事案件暂未纳入知识产权法院受案范围，虽然这一做法可以暂时缓解困扰司法实践的一些棘手问题，同时可以降低改革阻力，但是从长远来看，成立集中审理知识产权民事、行政和刑事案件的综合审判组织才是根本解决之道，不仅有利于弥补我国现行知识产权刑事管辖体制的不足，也更符合司法体制改革目标。
二、确权程序设置不合理，诉讼期间过长，诉讼成本过高
在我国知识产权确权程序中（主要涉及专利权和商标权），相关立法从权利保障的角度出发，规定如果申请人收到确权机构驳回其确权申请之后，可以请求行政救济和司法救济（即行政与司法“双轨制”权利保障机制）。以专利权为例，专利申请人在收到驳回通知后，如果认为确权机关的驳回理由不合理，首先可以启动行政救济程序。国务院专利行政部门设立专利复审委员会，专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，做出决定，并通知专利申请人。专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。②根据现有行政诉讼机制，当事人不服一审判决的，可以依据行政诉讼法相关规定向上级法院上诉。如此一来，此类案件经过一次行政程序和两次司法程序，一般要经历几年的时间。对于专利申请人而言，专利技术的生命是非常有限的，有些技术方案可能一年甚至几个月的时间就会被淘汰，经过旷日持久的漫长等待，即使最终拿到了胜诉判决书，相关技术的价值也已经消耗殆尽。在商标确权程序中，同样的问题依旧会出现，虽然不涉及技术淘汰，但是申请人赖以生存的市场和信誉可能不复存在。
从程序公正的角度而言，相关知识产权立法对于确权程序的设置更多考虑到的是保障权利人可以通过多种救济途径合理表达诉求，此立法目的自然无可厚非，但是实践中执行的情况却是差强人意，甚至背道而驰。对于申请人而言，最重要的不是胜诉判决书，而是自身权益是否真正得到维护和保障，很显然，过于繁复的程序设置并不利于确权申请人，更何况实践中利用法律规定恶意提起诉讼以及故意拖延诉讼时间的情况并不少见，不仅浪费司法资源，而且申请人需要花费更多的诉讼成本，最终结果于申请人而言可能并无裨益。从国际层面来看，美国、英国、德国、法国、日本、韩国等国家的司法实践是：通过专利法、商标法、诉讼法、法院组织法规定，知识产权行政确权案件经过专利局、商标局、知识产权局等进行了行政确权程序后，实质上只能再经过一次法院的司法审查，即由一审法院对行政确权结果进行司法审查，即使一国法院实行二审制甚至是三审制，知识产权确权行政案件经过一审法院的一次司法审查后，基本就结束了。①由此可以看出，国际实践更为关注的是维权的实际效果，而非形式上的权利救济机制。当前，在我国知识产权确权过程中，程序设置的不合理日益凸显，恶意诉讼屡见不鲜，甚至出现确权申请人为了避免出现“赔了夫人又折兵”的尴尬局面，放弃相关诉求的极端现象，显然这与立法者的初衷是背道而驰的。综上所述，在知识产权确权程序中，我们应当借鉴国际知识产权实践的合理之处，适当简化程序设置，将知识产权确权行政诉讼的二审终审制变更为一审终审制，此举不仅仅可以缩减诉讼周期、节约诉讼成本，实现司法资源的合理有效配置，更为关键的是，确权申请人的根本利益可以得到更好的保障。