在我国内地，建立知识产权审判体系的２０余年时间里，经历了多次变革：最初知识产权案件由民庭和经济庭审理，后来由知识产权庭统一审理；２０００年后，知识产权审判庭又被改为民事审判第三庭，负责审理知识产权案件。①自２００８年《国家知识产权战略纲要》发布以来，知识产权司法体制改革就被纳入研究重点，但是迄今为止尚未形成可以在全国推广的成功经验。２０１４年，我国在知识产权司法保护的道路上终于迈出了实质性的一步。２０１４年８月３１日，第十二届全国人大常委会第十次会议审议通过了《关于在北京、上海、广州成立知识产权法院的决定》，知识产权司法保护制度向专业化方向逐步推进。当前，全国法院也在积极探索知识产权审判模式创新，以适应知识产权司法保护实践。我国台湾地区智慧财产法院已经成功运转八年，积累了较为丰富的实践经验，其运作模式及反映出来的问题值得我们进一步研究和借鉴。
一、引入秘密保持令制度，保障商业秘密权利人的合法权益
在涉及商业秘密知识产权案件中，我国法院在审理过程中，主要依据的是《民事诉讼法》第１２０条关于不公开审理的规定以及《民事诉讼法》第６６条和《最高人民法院关于民事诉讼证据若干问题的规定》第４８条关于不公开质证的规定，缺乏专门针对商业秘密类知识产权案件的权利保障制度。而且，上述法律法规仅仅对商业秘密案件的不公开审理、质证做出原则性规定，对于如何防止一方当事人泄露其在诉讼过程中知悉的商业秘密以及泄露之后承担的法律责任并未涉及，实践中缺乏可操作性。从司法实践情况来看，商业秘密权利人在诉讼过程中往往处于原告地位，承担较重的举证责任，但是由于涉及自身商业秘密，提交举证材料经常有所顾忌，害怕泄露商业秘密而有所保留导致败诉，诉讼权利无法得到充分保障。另外，由于原告未充分举证，当事人不能充分质证，导致法院在审理过程中无法准确查明案件事实，公正做出裁判，久而久之势必影响社会公众对法律的信仰和法院的形象。
为了保障商业秘密权利人在诉讼过程中的合法利益，避免商业秘密因诉讼行为而泄露，秘密保持令制度逐渐被引入到知识产权诉讼机制中。在日本，２００４年知识产权法修订引入秘密保持令制度，若诉讼涉及商业秘密存在用于非诉讼目的，抑或该商业秘密的公开会对当事人产生不利影响，权利人可以向受诉法院申请秘密保持令。违反秘密保持令行为可以被施加民事责任，甚至刑事处罚，成为日本知识产权诉讼中保护商业秘密的有力手段。在我国台湾地区，秘密保持令制度于２００８年智慧财产法院成立时施行，在司法实践中同样发挥了重要的权利保障作用。在最高人民法院知识产权司法体制改革试点过程中，厦门市中级人民法院成为首个将秘密保持令制度适用于商业秘密案件的内地法院。２０１０年１２月２４日，厦门市中级人民法院出台了《知识产权审判保密令制度（试行）》，自２０１１年１月起推行知识产权审判保密令制度，实践证明，厦门市中级人民法院实施的秘密保持令制度，对于商业秘密权利人的诉讼利益起到了重要的保障作用，社会反响良好。为了保障商业秘密权利人的诉讼权利，知识产权法院可以效仿厦门市中级人民法院实施秘密保持令制度。诉讼当事人如果认为在诉讼过程中提交的证据材料、诉讼文书等可能导致其商业秘密被他人用于非诉讼目的，可以向法庭申请秘密保持令，将接触该商业秘密的范围限制在诉讼当事人、代理人、鉴定人等必要人员，并明确禁止上述人员将诉讼过程中获知的商业秘密向他人泄露。法院应当在收到当事人申请后三十日内做出是否颁发保密令的裁定，裁定中应当载明受保护商业秘密以及保护理由，但不得揭示该商业秘密。保密令一经送达对方当事人，即产生法律效力。同时为了防止秘密保持令制度流于形式，应当明确规定违反保密令的法律责任。一旦出现一方当事人将他人商业秘密泄露或用于非诉讼目的，可以根据当事人的申请，要求泄露商业秘密的当事人赔偿因泄露行为产生的实际损失以及合理费用。另外泄露商业秘密的行为还可以视为妨碍民事诉讼的行为，按照《民事诉讼法》的相关规定，对行为人采取罚款、拘留的强制措施，情节严重的，甚至施加刑事责任。
二、完善专利侵权诉讼与专利宣告无效程序的冲突解决机制
在专利侵权诉讼中，被控侵权者常以宣告专利权无效为抗辩事由，进而洗脱侵权嫌疑。在司法实践中，如果被告在诉讼过程中，提出宣告权利人专利权无效的申请，则受诉法院一般先行中止诉讼程序，等待专利行政部门做出关于专利权效力的裁定之后，相关诉讼程序重新开始，并以此为基础判断侵权行为是否成立。也就是说，根据我国相关立法，宣告专利权无效属于专利行政机关的法定职能，司法机关无权对专利权效力进行自主判断，只能对侵权行为是否存在予以认定。究其原因，除了职责划分不同，另一个主要原因在于专利宣告无效程序涉及技术层面，一般司法机关无法做出专业判断，为了保证相关权利人利益，法律将专利权效力的决定权赋予专利行政部门，其合理之处值得肯定。然而社会科技发展日新月异，专利技术的有效存在价值可能远低于专利权保护期限。如果被控侵权者出于不正当目的，恶意利用专利宣告无效程序以拖延诉讼期间，即使最终认定侵权行为成立，专利技术的价值也会在旷日持久的繁杂程序中消耗殆尽，专利权人的利益会因此受到严重影响。因此，如何处理专利侵权诉讼与专利无效宣告程序之间的冲突是未来知识产权专门法院必须面对的问题。
（一）专利确权与专利侵权交叉问题的有益探索
从世界范围来看，对于专利侵权诉讼与专利宣告程序之间的冲突，主要存在三种不同的情形：第一，主要由审理专利侵权诉讼的法院行使专利权宣告无效的权利，以美国为典型代表国家。法院不仅将专利无效作为诉讼标的进行审理，而且法院对专利无效的裁判具有对世效力。①第二，对专利侵权诉讼和专利无效宣告程序予以严格区分，以德国为典型代表国家。宣告无效只能由行政机关作为，法院无权干涉。第三，限制性地允许法院在审理专利侵权诉讼过程中对专利权的有效性予以一并审理，以日本为典型代表国家。２００４年，日本知识产权高等法院成立，对于专利无效案件由专门的知识产权法院审理。从国际发展趋势来看，对美国和德国相关做法予以折中规定的第三种模式越来越为更多的国家或地区所接受，允许专门知识产权法院审理专利宣告无效请求逐渐成为一种潮流。在我国台湾地区，根据“智慧财产案件审理法”第１６条、第１７条规定，智慧财产法院在进行专利民事侵权诉讼时，如果当事人主张或者抗辩专利权应当被撤销或废止时，法院应当对其主张或者抗辩有无理由自行判断，不适用诉讼程序中止的相关规定。从实践的情况来看，较好地遏制了被控侵权人恶意利用专利宣告无效程序拖延诉讼期间，损害专利权人利益的行为。
２０１６年３月２２日，最高人民法院发布《关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释（二）》（以下简称《解释二》），该司法解释将于２０１６年４月１日起施行。针对案件审理周期较长的问题，《解释二》第２条设计了“先行裁驳、另行起诉”的制度，即在专利复审委员会做出宣告专利权无效的决定后，审理专利侵权纠纷案件的法院可以裁定“驳回起诉”，无须等待行政诉讼的最终结果，并通过“另行起诉”给权利人以司法救济途径。由于《解释二》仅规定从程序上裁定驳回起诉，而非实体上判决驳回诉讼请求，意味着若宣告专利权无效决定被行政裁判推翻，权利人仍可另行起诉，因此“先行裁驳、另行起诉”制度并不能从根本上解决问题，适时允许知识产权法院判定权利的有效性更为合理。
（二）知识产权法院处理专利确权与专利侵权交叉问题的建议模式
当前，我国内地已经成立专门性知识产权审判组织，知识产权法院已经具备专利权宣告无效的审查能力，未来应逐步对诉讼中止程序予以变革，由知识产权法院和专利行政部门共同行使专利权宣告无效的职权。如此一来，不仅适应专利无效宣告制度发展的国际潮流，而且可以有效遏制当事人滥用诉讼程序，维护专利权人利益。当然，由于专利无效宣告程序涉及技术层面较多，可能出现当事人为了维护专利权效力变更权利保护范围的情况，因此除了确权行政机关以外，专利宣告无效的职权只能由专门知识产权法院行使，其他法院无权自行裁判。另外，从我国台湾地区智慧财产法院的运作情况来看，实践中出现的最主要问题是智慧财产法院与专利行政机关早专利权效力问题上的裁判不一致。为了解决这一问题，“智慧财产案件审理法”规定，智慧财产法院在必要时，可以裁定专利行政机关参加诉讼与之抗辩。①但是，由于民事侵权诉讼的终审法院是“最高法院”，专利无效宣告行政诉讼（我国台湾地区称之为专利举发行政诉讼）的终审法院是“最高行政法院”，因此在终审阶段，很有可能出现事实证据相同而最终判决相左的情况。同样的问题有可能在我国内地知识产权法院出现，最为有效的解决途径，一方面，可以借鉴我国台湾地区智慧财产法院的相关做法，允许知识产权法院在必要时通知专利行政部门参加诉讼，在诉讼过程中事先沟通，避免做出不一致的裁判；另一方面，如前所述，未来应对知识产权法院的顶层设计予以完善，建立知识产权上诉法院。如此一来，知识产权民事侵权诉讼与行政确权诉讼的上诉案件有了共同的终审法院，最终可以形成唯一有效裁判，为权利人提供充分的救济和保障。