商标争议是商标获得注册后发生的争议，虽然发生争议的事由相同，但却非商标异议阶段的商标异议。商标争议是针对商标本身的争议，不一定存在争议的对立双方，所以该部分还包括商标局依职权撤销商标的情形。商标争议的后果，可能是商标被维持，也可能是被撤销。我国《商标法》对争议后果使用“撤销”一词，包括被宜告无效的情形。
商标撤销的缘由可以分为三类：一是商标本身缺乏合法性、显著性以及非功能性；二是商标与在先权利冲突；三是商标违反使用管理要求。如此划分的原因首先从立法上看，《商标法》第41条用两个不同的条款来区分撤销的不同情形，但商标的使用管理规定则出现在《商标法》的第44条及其后条款；其次，商标因为缺乏合法性等被撤销没有时间的限制，也无须其他人向商标局提起，但商标与他人在先权利冲突则需要其他权利人主动提起，而且为使得商标权利固定下来，法律还规定了其他人提起异议的期限。
《商标法》第41条第1款规定：“已经注册的商标，违反本法第十条、第十一条、第十二条规定的，或者是以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的，由商标局撤销该注册商标；其他单位或者个人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。”可见，商标注册后，如果发现使用的是不得作为商标使用的标记、不得作为商标注册的标记的，应当撤销该商标。这种情形一般是由于商标局在受理商标申请时的疏忽所致，但也有例外情形。比如，商标欠缺显著性可能是由于商标一开始就没有显著性，也可能是由于商标注册人不当使用使得商标显著性丧失。商标在其后的使用过程中丧失显著性的典型例子是阿司匹林和“Walkman”随身听。阿司匹林本是一种使用在药品上的商标， 但是却在使用的过程中显著性渐渐变淡，以致成为该类商品的通用名称而被撤销。注册商标丧失显著性成为通用名称的情形往往发生在一些较出名的商标上，只有这种商标才有足够的影响力成为通用名称。这种情形也对企业保护其商标，在提升商标影响力时又避免其丧失显著性提出挑战。
《商标法》第41条第2款规定：“已经注册的商标，违反本法第十三条、第十五条、第十六条、第三十一条规定的，自商标注册之日起五年内，商标所有人或者利害关系人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。”商标注册后，因为发现与在先权利发生冲突，在先权利人可以请求商标局撤销商标。与商标可能发生冲突的权利，如前所述，包括姓名权、企业名称权、商品装潢权、著作权、地理标志权等，还包括已经注册的商标权利、驰名商标权利、他人使用并已经有一定影响的商标权利。在先权利人需要在5年期限内向商标评审委员会提出撤销申请，经异议裁定核准注册的商标，申请撤销商标的5年期限从该商标异议裁定公告之日起计算。恶意注册，侵犯他人驰名商标权利的，驰名商标人申请撤销侵权商标则不受5年期限的限制，这是对驰名商标较强保护的体现。因为驰名商标的知名程度高，注册他人驰名商标一般还会被认为是恶意的。
根据商标评审的程序规则，申请商标评审应当首先向商标评审委员会提交申请书。商标评审委员会认为提交的材料需要补正的，通知申请人自收到通知之日起30日内补正。经补正仍不符合规定的，商标评审委员会不予受理，书面通知申请人并说明理由。期满未补正的，视为撤回申请。申请人在商标评审委员会作出决定、裁定前，要求撤回申请的，经书面向商标评审委员会说明理由，可以撤回。申请人撤回商标评审申请后，包括被视为撤回申请的情形，不得再以相同的事实和理由提出评审申请。对核准注册前已经提起异议并经裁定的注册商标，商标争议人不得以相同理由再次提起异议。商标被撤销的，其他人在1年内不得申请注册该商标，以免利用该商标尚存的影响误导消费者。
注册商标使用不当的，也可能导致商标被撤销。使用不当的情形有：自行改变注册商标标记、自行改变注册商标注册人名义或地址、自行转让商标、连续3年未使用商标、商品粗制滋造等。商标权利人在使用注册商标的过程中可能会对商标标记作出一些变更，比如由简体字变成繁体字、由宋体字变成楷体字、给商标着不同的颜色等。由于商标保护的范围和商标标记有关，擅自变更商标标记使得商标保护范围不确定，因而被法律禁止。此外，擅自改变注册商标与他人使用在相同相似商品服务上注册商标相同或者相似的，还会构成商标侵权。商标是一种法定权利，其获得需要国家机关核准，其转让、变更也需要履行法律规定的程序，擅自变更商标、转让商标也将使得商标被撤销。商标需要被使用，从而建立起消费者、商品和商标权利人之间的联系和信赖关系，因而，一些国家将商标的使用作为获得商标注册的原因，大多数国家将商标使用作为商标权利维持的条件。我国(商标法》不要求使用作为注册的条件，但要求商标不得连续3年不使用。《商标法》对“使用”作出了宽泛的定义，包括将商标使用于商品、商品包装或者容器以及商品交易文书上，或者将商标用于广告宣传、展览以及其他商业活动中。商标许可他人使用也是商标使用的一种方式。《商标法》保护商标权的部分原因也是保护消费者利益，使得消费者可以通过自己青睐的商标找到想要的产品。滥用商标，提供粗劣产品的行为被法律禁止，也将使得商标被撤销。
商标被撤销如果经过商标局的裁定，被撤销人不服裁定的，可以自收到书面通知之日起15日内向商标评审委员会申请复审。对商标评审委员会的评审结果不满意的，可以自收到通知之日起30日内向法院提起诉讼。由此可以看出，商标评审委员会的复审是提起行政诉讼的前置程序，不可跨过该复审程序直接向法院针对商标局提起诉讼。法院审理被撤销人提起的诉讼时，如果提起撤销的是其他当事人，法院还应该通知该当事人作为第三方参加诉讼。商标被撤销人提起诉讼的，商标行政机构的行政裁决暂时中止效力。商标依据《商标法》第41条被撤销的，具有追溯性，商标权利自始不存在。但是，有关撤销注册商标的决定或者裁定，对在撤销前人民法院作出并已执行的商标侵权案件的判决、裁定，工商行政管理部门作出并已执行的商标侵权案件的处理决定，以及已经膜行的商标转让或者使用许可合同，不具有追溯力。只有因商标注册人恶意给他人造成损失的才应当给予赔偿。
这样就出现一个问题，如果商标侵权案件尚处于审理中，一方当事人对他方商标提起撤销，商标评审委员会尚未作出裁定或者针对评审委员会的行政诉讼尚未作出裁定，而审理侵权案件的法院也不中止审理的，此后，审理侵权案件的法院作出了认定侵权的判决，但是商标最后被撤销。被诉侵权人只能立即提出上诉来挽回自己权利，或者提出再审。如果认定其侵权的判决已经被执行的，根据法律的规定，被诉侵权人没有其他救济方式，除非证明商标被撤销人存在主观的故意。无论是前面的提起上诉、再审，还是后面的丧失救济，都将带给被诉侵权人损害，因而，更好的办法是，赋予法院认定商标是否可以被撤销的权力，或者要求审理商标侵权的法院，在商标是否被撤销的行政裁定未生效前中止审理侵权案件。