(一)侵害范围广
网络极大地拓宽了知识产权犯罪的时空范围。传统的知识产权犯罪链条较窄，犯罪各个环节局限于较小的区域，而网络拓宽了犯罪链条，从原材料的来源、生产的地点、分销目的地都实现了跨地域、跨国界，犯罪链条的地理范围更加广泛。近年来，跨境侵犯商标权犯罪案件增多，呈现国际化趋势。从侵害的速度看，网络侵犯商标权犯罪借助微信、微博等社交工具，传播速度十分迅速。
(二)犯罪隐蔽性强
大型网络购物平台如淘宝、京东的后台会实时监控卖家发布的产品，如发现涉嫌侵权的商品，系统会强制下架该商品，甚至会关停有关网店，相关部门对其监管也较为严厉。为规避打击，犯罪分子开设网店时，刻意避免在网店名称中出现所涉知名品牌的名称、标识，以致售假店铺经常在经过较长时间的售假，形成固定的客户群，累积到较大的销售量后才被查获，其行为具有一定的隐蔽性。然而，通过小型电商平台、社交电商及境外实施侵犯商标权犯罪隐蔽性更强，原因主要有两点。一是监管薄弱。小型电商平台自身技术水平不强，难以像大型电商平台一样进行有效的内部防控，又因其规模小、数量多，外界对其关注与监管难有着力点。社交电商作为新兴事物，监管手段、监管理念都未能跟上其发展速度。跨境犯罪中服务器可能设在国外，再加上境内外勾结，对此类犯罪的防控往往力不从心。二是非接触性。技术工具、技术手段被广泛用于侵犯商标权犯罪中，犯罪成员之间互不相识，他们通过网络联系而隐藏自己的真实身份，改变了以往面对面的联系方式，形成错综复杂的利益犯罪团伙，使犯罪更具隐蔽性，大大增加了打击和防控的难度。
(三)侦查取证难
不同于传统知识产权犯罪，网络侵犯商标权犯罪不受时间、地点限制，作案者也以虚拟形象出现在网络上，因此具有很强的隐蔽性，给侦查取证带来了很大的因难。
1.查明身份难。犯罪嫌疑人在网络上使用的大多是虚假身份，很多情况下使用的还不止一个身份，并且这些身份之间毫无关联。因此，查明犯罪嫌疑人的身份有一定困难。
2.电子证据获取难。犯罪过程都在网络上进行，实物类的证据较少，并且网络上留下的痕迹容易遭人为篡改及毁坏，因此，需要采用技术手段及时、准确地固定证据。由于有些犯罪分子将服务器托管到国外，受限于国与国之间司法体制的差异及双边司法互助的开展情况，司法实践特别是跨境侦查取证工作遭遇很大的阻碍。
3.犯罪数额认定难。网络技术的不断更新换代，客观上给侵犯商标权犯罪案件的准确认定造成困扰。比如，犯罪分子通过网络销售假冒注册商标的商品时，为提高网店信誉进行虚假交易，给认定真实的犯罪数额带来困难。