Trips协议为地理标志提供了两种不同水平的保护：
一是适用于所有地理标志的一般保护。Trips协议第22条第2款规定，WTO成员“应当向利害关系人提供法律手段以防止：（a）在商品的标志或说明中以任何方式表明或暗示该商品来源于非其真实原产地的地理区域，从而在商品的地理来源方面误导公众；（b）构成《巴黎公约》（1967）第10条之二意义上的不正当竞争行为的任何使用。”这一规定为地理标志提供了两种保护途径，一是从保护公众（消费者）利益的角度，防止误导性标记的使用；二是从反不正当竞争的角度，防止构成不正当竞争的使用行为。不论采用何种途径，权利人都必须承担举证责任，以证明他人的使用行为具有误导性。
二是仅适用于葡萄酒和烈性酒地理标志的强保护。Trips协议第23条第1款规定：“各成员应当为利害关系人提供法律手段，以防止将识别葡萄酒的地理标志用于非来源于该地理标志所表示的地方的葡萄酒，或者将烈性酒的地理标志用于非来源于该地理标志所表示的地方的烈性酒，即使标明了商品真实原产地，或者以翻译的形式使用该地理标志，或者伴有‘类’‘型’‘式’‘仿’或其他类似的表达。”这一规定不再要求证明使用地理标志的行为构成对公众的误导或不正当竞争行为，而只需要证明使用地理标志的葡萄酒或烈性酒并非来源于地理标志所表示的地方即可。这种保护被认为是一种客观的、绝对的保护。为葡萄酒和烈性酒地理标志提供更高水平的保护是为了满足法国、意大利等欧盟葡萄酒生产国的要求。这种做法也导致了葡萄酒、烈性酒与其他产品地理标志保护的不平等。
Trips协议仅仅赋予了地理标志消极的权利，即地理标志权利的范围仅限于禁止他人使用地理标志而不能就使用作出授权许可。
Trips协议在为地理标志提供保护的同时也规定了地理标志保护的例外。主要有在先商标、通用名称和个人姓名的例外。就在先商标而言，如果含有地理标志的商标是在先善意取得的，该商标的效力不会因地理标志保护而受到影响。就通用名称而言，如果地理标志在某WTO成员领土内成为商品或服务的普通名称，则该成员没有义务为地理标志提供保护。最后，是个人姓名的例外，即地理标志保护不得妨碍个人使用自己的姓名或者其业务前任的姓名，除非该姓名的使用方式会误导公众。
Trips协议关于地理标志保护的规定构成了WTO成员地理标志保护义务的最低标准，WTO各成员必须在国内法中履行这一保护义务。