商标延伸在提高新产品成功的机会，降低产品进入市场的宣传成本等方面存在优势的同时，也存在很多劣势，具体来讲，有以下几个方面。
（1）损害原商标的高品质形象。如果把代表高档产品的商标使用在低档产品上，就可能损害原商标的形象。早年，美国的“派克”钢笔质优价高，是身份和体面的标志，许多上层人物都喜欢带一支派克笔。虽然由于款式单调后来失去了一部分顾客，但“派克”仍不失为“钢笔之王”。然而，1982年詹姆斯·彼特森上任后，不是把主要精力放在改进款式和质量上，而是盲目地进行商标延伸，把“派克”商标用于每支售价仅3美元的低档笔。由此损坏了“派克”在消费者心中的高贵形象，而其竞争对手则趁机侵入高档笔市场。结果派克公司非但没有顺利打入低档笔市场，反而失去了一部分高档笔市场，其市场占有率下降到20%，销售额只及其竞争对手克罗斯公司的一半。
（2）商标淡化。商标淡化是指某一商标由于自身管理不当或市场环境发生变化而导致商标市场形象的模糊或商标市场影响力的减弱。商标淡化破坏了商标的独特个性，损害了商标资产，影响企业商标战略目标的实现和企业经济效益，对企业的发展不利，应予以高度重视。若干年前，美国美能公司推出了一种洗发精和润发乳二合一的产品，取名为“蛋白21”，很快在市场上打开销路，并取得了13%的市场占有率，成为知名商标。企业为了进行商标延伸，又接连推出“蛋白21发胶”、“蛋白21润发乳”、“蛋白21浓缩洗发精”等产品，结果事与愿违。由于商标延伸模糊了“蛋白21”作为二合一洗发护发用品的特征，从而也就淡化了消费者的独特偏好，结果“蛋白21”从13%的市场占有率降为2%。
（3）引发商标不良联想，降低了商标美誉度。商标联想指记忆中与商标相连的每一件事，即一提到商标名称，消费者脑海中出现的所有事物。商标联想源于企业的商标传播、口碑和消费者的商标体验。美好、丰富的商标联想，意味着商标被消费者接受、认可、喜欢，增加消费者的购买信心，丰富商标的价值和商标资产。一般而言，商标联想对于商标延伸的成功具有重大作用，如海尔的商标延伸就是一个好的商标联想。然而，商标延伸运用不当也可能降低商标的美誉度。如三九集团以“999”胃泰起家，企业的商标经营非常成功，以至于消费者把“999”视为胃泰这种药物的代名词。然而，三九集团随后进行了商标延伸将其商标延伸至啤酒上，从而导致消费者拿起“999”啤酒的第一个潜意识反应就是联想到“999”胃泰药而有所顾忌，这样的商标联想冲突不仅不利于新产品的市场推广，而且还会导致消费者对原有商标的质疑。
（4）跷跷板效应。所谓跷跷板效应是指一个名称不能同时代表两个完全不同的产品，当一种产品的市场地位上来后，另一种产品的市场地位就要下去。在美国，Helinz原本是腌菜中的名牌，而且它占有最大的市场份额。后来，公司使用Helinz代表番茄酱，做得也十分成功，使Helinz成为番茄酱商标的第一位。然而，与此同时，Helinz丧失了腌菜市场上的头把交椅，被Vlasic所取代。