在日本，执行知识产权法律首先是司法部门的责任。日本的法院体系主要包括最高法院、高等法院、地方法院、家庭法院和简易法院。日本实行三审终审制，对一审法院的判决不服，当事人可以向二审法院“控诉”，对二审法院的判决不服，当事人可以向三审法院“上告”，“控诉”和“上告”一般并称为。上诉”。日本最高法院是宪法规定的唯一行使最终审判权的机构，高等法院负责二审，地方法院负责一审。
日本高等法院共有8个，分别是东京、大阪、名古屋、广岛、福冈、仙台、札幌和高松高等法院。根据2003年7月修订后的日本民事诉讼法，外观设计权、商标权、著作权(软件著作权除外)、出版权、著作邻接权、育成者权(植物新品种权)案件，以及因不正当竞争导致的营业利益侵害案件，当东京、名古屋、仙台和札幌四个高等法院的地方法院有管辖权时，当事人既可以向这些地方的地方法院提起诉讼，也可以向东京地方法院提起诉讼；当大阪、广岛、福冈和高松这四个高等法院的地方法院有管辖权时，当事人既可以向这些地方的地方法院提起诉讼，也可以向大阪地方法院提起诉讼；专利权、实用新型权、集成电路布图设计权和软件著作权案件按上述地域分别由东京地方法院及大阪地方法院专属管辖，这些案件的“控诉审”全部归由东京高等法院管辖。
根据日本专利法、实用新型法、外观设计法和商标法的规定，对于特许厅关于上述有关权利的决定不服的，应向东京高等法院提起诉讼。因此，东京高等法院是唯一对上述行政案件具有一审管辖权的法院。
2004年6月11日，日本国会通过了《知识产权高等法院设置法》，该法将2005年4月1日起实施。该法规定的知识产权高等法院，是作为东京高等法院的一个支部设立的，其审理的案件包括东京高等法院所管辖的下列案件：与专利权、实用新型权、外观设计权、商标权、集成电路布图设计权、著作权、出版权、著作邻接权或者与植物新品种权有关的诉讼，以及与不正当竞争有关的商业利益损害诉讼。
在加强反对假冒和盗版的问题上，日本政府督促专利特许厅与海关积极合作采取有效措施制止假冒和盗版产品在日本流通。在国际方面，由于假冒和盗版侵权现象在亚洲地区比较严重，而且所造成的损失也比较大，因此，日本政府通过双边或多边协定，同欧洲发达国家与美国一道，加强国际间的协作，打击和防治假冒和盗版侵权。