日本政府行十分重视对知识产权法律的实施工作，由有关主管部门制定、执行着一套科学的管理制度。
日本通产省负责专利、实用新型、外观设计、商标和不正当竞争防止等工业产权法律的实施管理工作。通产省下设机构庞大、设备先进的特许厅，负责发明、实用新型、外观设计和商标申请的受理、审查授权和批准工作。
特许厅为了方便和加快申请的审查速度，保证发明专利申请在1—2年内授权，商标、实用新翌和外观设计申请在8-12个月内授权，复审和无效申诉案件在一年内审结，特许厅正在推行“无纸计划”，即申请人利用电子邮件向特许厅提出申请，审查员利用计算机检索已有对比文件和审查是否应予授权。申诉部按照民事诉讼法的有关程序开庭审理有关申诉案件。
通过加快审查速度，使发明创造较快地受到法律保护，从而促进了先进技术在日本的推广应用。特许厅数据库的大量信息，通过计算机网络向企业、科研单位、代理机构等传送，促进先进技术的普及。特许厅还重视对专利技术应用情况的研究分析，注重向日本中、小型企业推广先进、实用的专利技术。
日本的文部省负责管理著作权，计算机软件也成为著作权法保护的对象。对著作权的管理，除政府职能部门外，民间还成立了各种社团法人性质的协会，如计算机软件著作权保护协会、音乐著作权保护协会、艺能实演家团体，协议会、私自录音补偿金管理协会等。参加这些协会的会员是日本和外国的著作权企业法人、作家和艺术家，各协会以著作权法等为武器，保护其会员的知识产权，协助会员调查收集侵权证据，提供法律咨询服务，并参与侵权纠纷的解决，接受法院委托提供鉴定意见。
日本农林水产省负责实施种苗法。对植物新品种，培育者认为有经济价值，有必要获得知识产权保护的，可以提出申请。农林水产省对于申请保护的品种，除进行文件审查外，还进行实地调查或栽培实验，以确保新品种的质量和真实性。