1．请求诉前采取停止侵权和财产保全措施
根据《专利法》、《商标法》和《著作权法》的规定，权利人发现他人正在实施或即将实施侵犯行为，如不及时制止这些行为将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，在合法取得有关证据后，可以在提起侵权诉讼之前，先向人民法院申请采取责令停止有关侵权行为和财产保全的措施。权利人在利用这一程序保护自己的合法权益时，应当按照最高人民法院发布的相关司法解释的规定，正式向有管辖权的人民法院提出申请，提交相应证据，并提供担保。
2．特殊情况下的举证责任倒置
谁主张，谁举证，这是诉讼的一般举证原则，知识产权诉讼也不例外。但是，在知识产权诉讼中有两种情况会发生举证责任倒置：一种情况是知识产权行政诉讼，由被告负举证责任，证明行政机关在做出具体行政行为时有充足可靠的事实依据及法律依据，另一种情况是在专利侵权诉讼中，如果专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。也就是说，如果专利权人获得的是一项新产品制造方法的发明专利，在专利侵权诉讼中，专利权人只要证明自己的专利是一项新产品的制造方法，被告也制造了这项新产品，这时，被告就有义务举证证明自己的制造方法与专利方法不同，否则，被告就可能构成侵权，这是知识产权诉讼证据制度中的一项特殊规定。
3．知识产权案件的证据保全
我国《民事诉讼法》规定：“在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，诉讼参加人可以向人民法院申请保全证据，人民法院也可以主动采取保全措施。”实践证明，证据保全这一手段运用是否恰当，对保护知识产权至关重要。由于知识产权案件具有技术性强、专业性强的特点，有些权利如计算机软件著作权被侵权十分容易，而销毁侵权证据也轻而易举，因此，如果不及时采取证据保全措施，就难以做到依法保护权利人的合法权益。据此，在知识产权诉讼中，应重视证据保全这一措施的运用。尤其值得注意的是，根据《商标法)、{著作权法)及有关司法解释的规定，为了制止侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，权利人可以在起诉前向人民法院申请证据保全；这种规定比《民事诉讼法}的规定又进了一步，对保护知识产权更为有利。
运用证据保全这一措施时应由当事人提出证据保全的申请，并提供担保，申请应当明确需要保全的证据所在的单位、地点、范围、数量等，而且，申请人在人民法院采取保全措施后15日内应当提起侵权诉讼，否则，法院将解除保全措施。
4．知识产权案件庭审前的证据交换
最高人民法院《关于民事经济审判方式改革问题的若干规定》等司法解释规定：。案件比较复杂、证据材料较多的案件，可以组织当事人交换证据。”“证据一般应在开庭前递交，并且应当给各方当事人留有交换证据的时间，交换证据可以通过开庭前组织各方当事人的方式进行。开庭后提交的证据，必须经过质证才能采信；经过庭审有待进一步查明的事实，可以给予当事人合理的举证期间，但以不影响在审限内结案为原则。”根据这些规定，在知识产权纠纷案件审判改革过程中，庭审前的证据交换已经被普遍采用，其目的在于压缩庭审时间、提高庭审效率、力争在审限内结案，反对当事人利用证据搞突然袭击，拖延诉讼。
目前，在审判知识产权纠纷案件中，交换证据的基本做法是：
(1)庭审前的证据交换只适用于案情复杂、证据材料较多的案件。
(2)交换证据的时间一般在开庭前至少7日前完成。
(3)证据交换应当通知各方当事人参加，并由合议庭成员主持。
(4)未交换的证据，例如，当事人一时无法提交的证据、依法应由法庭调查的证据，可以在法庭上提出并进行质证。
(5)庭审后根据法庭要求，当事人仍有义务提交证据，但应当在法庭指定的期间内提交，并经过质证后方可采用。
5．知识产权案件涉及技术问题的处理方式
知识产权案件涉及到科学技术的各个领域，专业技术性强，而审判知识产权案件的法官大多不熟悉技术。经过多年的实践，目前人民法院对知识产权纠纷案件涉及复杂专业技术问题的，一般通过三个途径解决：
(1)聘请相关技术领域的专家或知识产权法律专家做咨询顾问。法庭就案件中的具体技术法律问题组织专家进行咨询，咨询意见供合议庭在审判案件中参考。
(2)聘请相关技术领域专家或者委托有关机构就技术问题进行鉴定。鉴定结论经过法庭质证后，作为证据供法庭使用。
(3)聘请相关技术专家做人民陪审员。在一审案件中进入合议庭直接参与审判案件，在合议庭中，专家陪审员享有和法官同等的权利。
6．知识产权侵权纠纷的诉讼时效
根据法律规定，知识产权侵权的诉讼时效为两年，自权利人得知其权利被侵犯之日起计算。这里的“得知”，是指权利人实际知道有侵权行为的事实发生。它是一种主观状态，以权利人的承认为前提。“应当得知”，是指侵权行为一旦发生，不论权利人是否知道，都视为他已经知道侵权行为发生。这是一种客观推定，由法官通过一定的事实，认定权利人应当知道。
在司法实践中经常遇到的问题是，对于连续实施的侵权行为，权利人得知或者应当得知权利被侵害时间已超过两年的，人民法院如何判决。如果以诉讼时效已过为由，判决权利人失去全部胜诉权，驳回权利人的诉讼请求，则会造成一方面侵权行为仍继续进行，另一方面权利人的专有权会受到挑战。如果认为诉讼时效未过，又显然与事实、与法律规定不相符，最高人民法院在有关司法解释中规定，对于这种情况，权利人仍有权要求侵权人停止侵权行为，但是，侵权赔偿的数额仅应从起诉前两年开始计算，而不能从侵权行为开始时计算。如果侵权行为终了之日起超过两年的，权利人再提起民事诉讼，请求保护其权利，则将失去胜诉权。