当事人向人民法院提起知识产权诉讼、人民法院审判知识产权案件主要涉及以下基本程序。
1．诉讼管辖
民事诉讼中的管辖，是指上下级人民法院之间和同级人民法院之间受理第一审民事、经济、知识产权纠纷案件的分工和权限。法律规定的管辖问题就是解决同级人民法院或上下级人民法院审理某些案件的权限。基于管辖的规定而产生的权限就是管辖权。
当知识产权的权利人在自己的权益受到损害时，应当参照前一节的介绍，首先搞清楚这种纠纷是否属于人民法院应当受理的案件，然后再搞清楚这种纠纷应当由哪一级法院或哪一个法院受理，以便更有效地保护自己的权益。
《中华人民共和国民事诉讼法》(以下简称{民事诉讼法})规定的管辖分别为级别管辖、地域管辖。从级别管辖来说，一般知识产权纠纷案件，大多在中级以上法院受理，具体分工由各省高级人民法院根据案件的争议标的、影响大小确定由哪一级人民法院负责一审。从地域管辖来说，一般知识产权纠纷实行“原告就被告”的原则。如因知识产权侵权行为提起诉讼，则由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖；因知识产权合同纠纷提起的诉讼，则由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
鉴于专利民事案件的专业性强的特点，为了保证执法统一，最高人民法院专门就这类案件的诉讼管辖权问题作了特别规定。即专利民事案件分别由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、经济特区中级人民法院以及最高人民法院同意的较大城市(大连、烟台、温州、佛山、青岛)的中级人民法院作为第一审法院，截至2001年7月1日止，全国共有43个中级人民法院作为专利纠纷案件的一审法院，相应的各省、自治区、直辖市高级人民法院作为第二审法院。
2．合议制度
人民法院审判知识产权案件实行合议制，合议制是集体审判案件的一种制度。按照合议制原则组成的合议庭成员，必须是单数，一般由三至五人组成。合议庭组成人员的权利是平等的；对于案件的调查、审理、裁判以及审理案件中一切重要的问题，都必须经合议庭全体人员共同合议，按少数服从多数的原则决定，少数人的意见要写入评议记录。
人民法院审判第一审知识产权案件，可以由审判员和人民陪审员共同组成合议庭，也可以只由审判员组成合议庭。在实践中，对于一些专业性、技术性较强的专利案件，经常邀请专利工作人员作为陪审员参加合议庭，这对查清专业事实及正确审理技术性较强的案件是很有必要的。
3．公开审判制度
人民法院审理知识产权案件，除涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私外，一律公开进行。涉及商业秘密的案件，当事人申请不公开审理的，可以不公开审理。公开审理的案件，允许公民旁听；不论案件是否公开审理，人民法院宣告判决，一律公开进行。
4．两审终审制度
人民法院审理民事案件，依照法律规定实行两审终审制度。所谓两审终审制度是指一个民事案件经过两级法院审判就宣告终结的制度。即当事人不服第一审人民法院做出的判决、裁定的，有权向上一级人民法院提起上诉。第二审人民法院对不服第一审人民法院判决的上诉案件，经过审理，做出的判决、裁定，即为终审判决、裁定。该判决、裁定即发生法律效力，当事人仍不服的不能再行上诉。
5．回避制度
根据{民事诉讼法》的规定，审判人员有下列三种情形之一的，必须回避，当事人也有权申请审判人员回避：①本案当事人或当事人、诉讼代理人的近亲属，②与本案有利害关系的，③与本案当事人有其他关系，可能影响对案件公正审理的。
上述三种情况的规定，既适用于审判人员，也适用于书记员、翻译人员、鉴定人及勘验人。·
当事人申请回避，一般应当在案件开始审理时提出，特殊情况下，如果回避事由是在审理开始以后得知的，或者回避事由是在审理以后发生的，也可以在法庭辩论终结前提出，以便更好地保障当事人行使这项权利。
6．案件的审限
案件的审限是指人民法院审结民事案件的期限。根据《民事诉讼法》的规定，人民法院适用普通程序审理的第一审案件，应当在立案之日起6个月内审结。如有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长6个月。如果在延长的6个月内仍不能审结，还需要延长的，必须报请上一级人民法院批准。
二审法院审理对判决的上诉案件，应当在第二审立案之日起3个月内审结。特殊情况需要延长的，应报本院院长批准。二审法院审理对裁定的上诉案件，则应当在第二审立案之日起30日内做出终审裁定。
这种审结期限的规定，是为了督促法院提高审判效率，缩短办案周期，更及时地保护当事人的合法权益。但是，案件审限的规定不适用于涉外案件。
7．审判监督程序
诉讼当事人认为法院已经发生法律效力的判决、裁定确有错误，可以向第二审法院或者上一级法院申请再审，人民法院按照审判监督程序对案件进行再审。审判监督程序作为两审终审制的补充，既可以收到提高审判效率的效果，又增加了必要的纠错机会。
人民法院已经审结的案件，当事人申请再审，必须具备一定的法定事实和理由，对此，《民事诉讼法》作了明确的规定。只要符合法律规定的再审条件，当事人即可申请再审。不符合法定事实和理由的申请再审，人民法院将予以驳回。
·8．执行程序
民事诉讼中的执行，是指人民法院根据《民事诉讼法)的规定，运用国家强制力，强制义务人履行生效法律文书的行为。执行是强制义务人履行义务的，又称“强制执行”。
当事人申请执行，要向第二审人民法院递交申请执行书，并应按规定交纳申请执行费用。
值得注意的是，当事人申请执行的权利必须在申请的期限内行使。申请执行的期限，双方或者一方当事人是公民的为1年；双方是法人或者其他组织的为6个月。上述期限，从法律文书规定履行期限的最后一日起计算。如果法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期限的最后一日起算。无正当理由超过申请执行期限的，人民法院不再执行。