1种质资源的保护、引进与利用
种质资源选用是否恰当，是育种成败的关键。种质资源又称品种资源或遗传资源。《种子法》第七十四条规定：“种质资源是指选育新品种的基础材料，包括各种植物的栽培种、野生种的繁殖材料以及利用上述繁殖材料人工创造的各种植物的遗传材料。”种质资源是育种工作的基础。不管是选择育种、杂交育种、杂交优势的利用、诱变育种，还是遗传工程、生物技术育种，都离不开种质资源。有了丰富的遗传资源，育种的新技术和新途径才能够发挥作用。育种目标确定后，可通过适宜的育种途径来选育新品种。但是，无论采用哪种育种途径，首先都要准确地选择符合育种目标要求的种质资源。
(1)种质资源的保护。
种质资源是新品种研发源头创新的基础，如果不能得到有效的保护和利用，必将危及中国种业立身之本。我国种子企业必须高度重视种质资源的保护，特别是在与国外交流及合作研发活动中，严格遵守我国《种子法》和《农作物种质资源管理办法》的相关规定，防止种质资源流失。
(2)种质资源的引进。
目前我国在引进国外农作物品种方面，已经形成了成熟的品种区域试验和审定管理办法。种子企业可以通过对外农业交流与合作项目，搜集中国急需的农作物种质资源，按照我国《种子法》和《农作物种质资源管理办法》的相关规定，有针对性地进行种质资源交换，改变当前中国育种创新原地踏步的现状，提高作物育种的效率和效果。
(3)种质资源利用。
种子企业可以通过以下途径提高种质资源的利用率：一是在互联网上进行种质资源检索和建立企业的种质资源数据库，进行科学、准确、及时的信息收集、整理、分析，将企业急需的种质资源种类以及有效利用途径提供给本企业育种技术人员。目前我国已建立了植物种质资源共享平台，该平台涵盖了农作物、多年生和无性繁殖作物、林木（含竹藤花卉）、药用植物、热带作物、重要野生植物及牧草植物等种质资源，通过e平台和植物种质资源信息共享网络系统，实现了30.5万份种质资源的信息共享。种子企业可以充分利用该信息平台，及时与资源工作者联系，查询企业需要的种质资源。二是企业育种人员要与种质资源工作人员、遗传学家、生物学家建立密切联系，开展合作研究，互通信息。三是种子企业可以联合相关权利人组成行业知识产权协会或联盟，加强联盟种子企业间的交流，建立种质资源共享机制，提高种质资源利用率。
2育种阶段的知识产权管理
对于自行研发的企业而言，从计划培育某一植物新品种开始，到实际培育出该植物新品种为止，整个培育过程中，涉及商业秘密、著作权、植物新品种申请权、植物新品种权以及专利权等知识产权的保护。其中，商业秘密主要包括种质资源、育种材料、亲本、育种技术方案、试验材料数据等商业信息。专利权主要集中在育种技术、基因专利等。在此期间发表的文章、论文及专著等也将形成著作权。种子企业要注意增强品种、育种技术和基因专利等知识产权的保护意识，对创新过程中产生的知识产权进行分类管理，并针对不同知识产权制定不同的实施战略，将同一个研发项目中的知识产权的功效予以充分发挥。
如果企业采取科企深度合作研发的模式，则还需要通过完善合作研发项目组建初期的知识产权确认和协议保护制度，项目运作阶段的知识产权资源的使用、保护和知识产权归属制度，项目解体阶段的知识产权资源的使用、保护和知识产权归属制度来规范合作研发过程中的知识产权权属，达到合作双赢的目的。
3知识产权申请、获取阶段的管理
(1)申请时机的选择。
种子企业只有把握好新品种申请保护的时机，申请植物新品种保护才有意义，选育的新品种才能发挥其应有的商业价值，育种创新才能为企业带来丰厚的回报。根据我国《农作物生产经营许可管理办法》，只有通过品种审定的新品种才可以在生产上推广应用。企业培育的新品种要发挥出知识产权的放大功效，需要同时满足品种审定和品种权授权两个条件，否则，要么无法进行商业化开发，要么无法得到有效保护而成为他人获利的工具。一项品种权从申请到授权需要较长时间（至少2年），而大多数品种的经济寿命周期为3—5年，如果一个品种在通过审定后再申请品种保护，那么有可能出现授权书下达之时正是该品种退出市场之际。因此，把握品种权申请时机是品种权申请决策的关键，如果企业没有选择好申请时机，很有可能会错过该品种的最佳实施时机。
(2)品种的命名。
只有通过审定的品种才有名称，即审定名称，也是其通用名称，否则只能算是一个“品系”。根据《檀物新品种保护条例》，授予品种权的植物新品种应当具备适当名称，并与相同或桐近的植物品种或已知品种的名称相区别。通过上述对品种权申请时机的分析，企业申请植物新品种保护应该在品种审定之前，但在没有审定的情况下，企业一般采用品种的原代号，那么就存在一个授权品种名称与审定名称不一致的问题。如果两者不一致，那么势必会增加企业知识产权维权的难度。因此，企业在申请植物新品种权和参加区试试验时均应使用同一代号，待审定通过后，再统一品种名称。此外，品种的名称往往承载着丰富的内涵，如企业的信誉、品种的品质等，企业对品种进行命名时应尽量保持延续性。这样在企业推出新品种时，消费者就能准确迅速地识别这是比上一代品种更好的品种。
综上所述，对于当前绝大多数种子企业而言，以上三大战略都符合企业发展的大方向，企业都必须认真对待，但并不意味着每个企业都要按照这三个方向同时努力。不同的企业有不同的优势、劣势，面临着不同的机会和威胁，企业可以选择部分方向甚至一个方向优先发展，等条件成熟的时候再全面发展。种子企业的管理者应以踏实心态，对种子企业所处的宏观经济环境与行业发展特点进行透彻的分析与研究，在这个基础上结合企业自身的资源来确定切实可行的战略规划。