随着战略联盟成员内外部环境的变化，合作各方知识产权的不断调整，利益格局的相应变化，联盟过程中可能出现道德风险和机会主义行为，从而给企业带来知识产权风险。为化解和减少联盟知识产权风险，种子企业应加强联盟内部的知识产权保护，对联盟伙伴的行为加以约束，以充分发挥联盟的功效。
种子企业战略联盟内部所涉及的知识产权主要包括背景知识产权与前景知识产权两类。背景知识产权是指战略联盟成员在联盟成立前所拥有的，为了实施联盟育种创新项目和利用项目技术成果所必需的知识产权。前景知识产权是指联盟成立后创造出新的知识产权。因此，种子企业战略联盟内部的知识产权管理活动主要是对背景知识产权的保护与共享和前景知识产权的权利归属以及收益进行分配。
目前，我国与此相关的法律法规主要体现在《中华人民共和国合同法》（以下简称《合同法》）第十八章技术合同、《中华人民共和国专利法》（以下简称《专利法》）、《中华人民共和国植物新品种保护条例》（以下简称《植物新品种保护条例》）及其相关的司法解释和实施细则中。从总体上看，我国现行法律法规呈现出以下两大特点：
一是重视当事人的意思自治，赋予协议优先于法律适用的效力。在合作完成的知识产权方面，依据《合同法》第三百四十条、第三百二十五条以及《专利法》第八条的规定，合作开发完成的发明创造、技术秘密成果的权利归属以及合作完成的知识产品的利益分配方式可以由当事人约定，并享有优先于法律适用的效力。《植物新品种保护条例》第七条规定，合作育种，品种权的归属由当事人在合同中约定；没有合同约定的，品种权属于共同完成育种的单位或个人。
二是利益平衡机制，体现对开发者劳动的尊重和对创新的激励。《合同法》第三百四十条、《植物新品种保护条例》第七条以及《专利法》中规定，合作开发完成的发明创造，除当事人另有约定的以外，申请权和取得的专利权或品种权归合作开发的当事人共有。此外，《专利法》、《植物新品种保护条例》和《合同法》均对完成职务技术成果的个人给予奖励或者报酬作出规定。
综上所述，我国现行法律法规对联盟知识产权只作出原则性的规定，因此，企业在联盟合作过程中，还应对背景知识产权和前景知识产权的归属、获取、许可、转让、保护和传播作出具体规定。