(1)提高竞争能力。
在知识经济时代，知识产权是企业的核心竞争力，种子企业通过启动知识产权战略工程，能够优化企业资源配置，防止企业无形资产流失，充分发挥知识资源在企业发展中的重要作用。国内外成功种子企业的大量实践证叫，企业实施知识产权战略是增强核心竞争力和市场竞争优势的关键。种子企业重视知识产权的管理，建立健全企业内部的知识产权机构和知识产权战略，依靠科技创新不断形成技术优势，并借助知识产权将技术优势转化为市场竞争优势，才能达到提高企业竞争力的目的。
(2)提高市场开拓能力。
种子企业实施知识产权战略，可以正确、有效地运用知识产权资源，以市场为导向研发拥有自主知识产权的核心技术，通过技术提升来促进市场扩张，为企业赢得更大的发展空间。种子企业通过植物新品种权、农业技术专利等知识产权保护，可以激励创造新的知识产权，拉动市场需求，提升需求层次，刺激市场的成长和规模的进一步扩大。同时，知识产权保护有助于形成良好的投资环境和经济技术交流场所，增强种子企业从满足国内市场需求转换为满足国际市场需求的能力。
(3)提高盈利能力。
植物新品种权和育种技术专利具有将知识产权垄断性质放大和增值的效应。种子企业实施知识产权战略，以市场为导向进行新品种研发，可以促进企业盈利能力的快速提升。例如，隆平高科2009年水稻种子业务综合毛利率只有26.97%，通过积极研发新品种，调整产品结构，其主推的新品种“Y两优一号”毛利率达到60%~700/0。2010年上半年该公司水稻种子业务毛利率为36.05%，同比提高9个百分点，预计未来其水稻种子业务综合毛利率可以达到40%以上。
(4)提高自主创新能力。
首先，种业知识产权创新的过程具有高投资、高风险的特点，并且技术开发呈现明显的阶段性，各个阶段需要多方面的协作和规划，需要企业实施知识产权战略，对知识产权的创造、管理、保护和运营进行系统的管理，从而提高种子企业自主创新能力。其次，种子企业实施知识产权战略，可以有效配置知识产权要素，提高研究开发的水平，有助于节约研发经费和研发时间，避免人力、财力、物力的浪费。最后，实施知识产权战略可以促使企业的创新活动形成良性循环。知识产权给企业带来的高额利润一方面可以弥补研发阶段的资金成本，另一方面可以再次投入到新的知识产权创新项目中，从而提高种子企业的持续创新能力。