《知识产权协定》确立了以下基本原则： (1)国民待遇原则； (2)最惠国待遇原则；(3)公共利益原则； (4)优先权原则； (5)透明度原则； (6)司法终审原则。这些原则中，有的是原有的知识产权国际公约已规定的，如国民待遇原则最早是1883年的《巴黎公约》创立的原则。

1)国民待遇原则

除知识产权国际公约外，国民待遇原则也是国际私法、国际贸易法等领域内的一项基本原则。其基本含义是，WTO各成员，在不低于《知识产权协定》所规定的最低保护标准的前提下，给予其他各成员之国民的知识产权保护，不得低于其本国国民。

2)最惠国待遇原则

在知识产权保护上，任何成员提供给其他成员之国民的利益、优惠、特权或豁免，均应立即无条件地适用于全体其他成员之国民，《知识产权协定》另有规定的除外。这即是《知识产权协定》第4条规定的最惠国待遇原则。最惠国待遇与国民待遇是不同的两种待遇，它们的主要区别在于两者所比较之对象不同。前者所针对的是本辖区对所有其他成员之国民在知识产权保护上的待遇，如现在所论之成员为A，若A给成员B之国民有某种优惠，那么，根据最惠国待遇原则，成员C之国民在A之辖域内在知识产权保护上就应当与成员B之国民所获得的优惠相同，特殊情况除外。而后者所针对的是WTO其他成员之国民在任何一个成员的辖域内在知识产权保护上所获得的保护不得低于该成员给予其本域之国民的待遇，特殊情况除外。

最惠国待遇原则的重要意义在于防止WTO成员之间以某种借口制造不平等待遇或者采取歧视政策，以区别亲疏关系。

3)公众利益原则

《知识产权协定》使用“公众利益”概念，实乃“公众的健康和营养”以及“维护在对于其社会经济和技术发展来说至关重要的领域中的公众利益”①。该项原则的主要作用是调整作为专有权利的知识产权与公众利益的关系，即在充分保护知识产权所有人依法享有的合法利益的前提下，如何最大限度地维护社会公众的利益。从法理的角度看，法律的功能就是维护一切人的合法利益，使他们的合法利益不受任何人的侵犯。然而，知识产权在某种程度上就是对他人合法利益的限制。例如，每一个自然人从小学到中学，以至大学，都必须使用他人已有的创作成果(实际上是人类文明的成果)，即作品，而著作权法却给作品的创作者授予了著作权，阻止他人未经许可而使用其作品，由此而引发出著作权与公众获取知识权利的冲突。在这种情况下，如果法律没有对著作权加以必要的限制，公众的获知权就难以实现，就会造成人类文明进步的障碍。所以，到目前为止，各国著作权法无一例外地对著作权作了适当的限制，使公众能够从小学到中学，以至大学，顺利完成自己的学业，而不会遭遇任何知识产权麻烦。《知识产权协定》当然也必须作这样的规定。

公众利益原则的另一个重要内容是成员可以“采取适当措施防止权利持有人滥用知识产权，防止借助国际技术转让中的不合理限制贸易行为或有消极影响的行为，只要该措施与本协定的规定一致。”②在国际技术转让中，知识产权所有人合理利用其知识产权获得自己合法、正当的利益，是受法律保护的，但是，如果知识产权所有人利用自己持有的知识产权而不合理地限制正常的贸易行为或者进行其他有消极影响的行为，则是与知识产权保护之初衷相悖的，如搭售条款、回售条款等即是。

为了防止这样的行为发生，《知识产权协定》，授权各成员在不违背《知识产权协定》规定的前提下，制定限制知识产权所有人滥用知识产权的行为。这不仅能够保证最大限度地保护知识产权，也能够促进国际间的正常贸易交往。