海峡两岸合作保护商标权的必要性和重要性体现在以下几点。

.两岸经贸交流环境不断改善

海峡两岸合作保护商标权是两岸经济贸易发展和科技交流的客观需要。21世纪以来,海峡两岸经贸往来不断密切，近几年来更呈加强趋势，贸易持续增长,台商投资平稳增长，两岸农业合作交流持续扩大。并且两岸的经贸合作朝向更高层次、更广领域发展。

相关产业正在节能、环保的基础上,进行技术更新与改造，通过管理与技术水平的提高，改善企业的竞争力，以适应经济环境与市场变化的需要。台湾传统的制造业对大陆投资放慢，但岛内金融、物流、社会服务（医疗、文化等事业）等服务业对大陆的投资布局则持续发展,尤其是金触业投资合作逐渐成为一种新的趋势。

2007年海峡两岸经贸关系发生了重大变化，海峡两岸贸易持续快速增长，台商对大陆投资或台商在大陆的经营活动受大陆一系列重大经贸政策出台的影响开始进行重大调整，使得大陆成为台湾最大的贸易伙伴、最大的出口市场和最大的贸易顺差来源地②。自马英九当政，海峡两岸开始展现高度和谐的一面,尤其是海基、海协两会自2008年6月恢复协商以来,达成许多共识，实现了直航、大陆观光客赴台，有力地促进了大陆和台湾的经贸往来。因此,马英九称现在的两岸关系和平发展，“这是过去60年来所不曾发生过的事情”①。

两岸经贸交流产生的一个直接的问题,就是由于海陕两岸对商标权保护的不同规定，使一个从事工商业经营的人就同一商标要获得大陆和台湾的同时保护，必须在两地分别申请商标注册，耗时费力，加大了工商业经营者的商业运作成本，这对海峡两岸经济的发展显然是不利的。因此应当合作保护商标权。

.两岸法制环境和商标法的具体规定仍有区别

海峡两岸合作保护商标权是现实情况的需要。虽然大陆和台湾分别制定了有关商标权保护的特别办法，但就海峡两岸现有的商标权保护特别办法来看,存在着内容过于简单、不太切合实际情况等缺陷，无法满足对海峡两岸从事工商业经营者所拥有的商标权进行有效保护的需要。以台湾为例，虽然台湾有“大陆地区人民在台湾申请专利及商标注册作业要点”，但由于受到台湾方面法令的限制，大陆相关人士赴台并不容易,尽管现在的条件有所改善,仍然还有诸多不便。加之台湾“商标法”修改次数较多，使得大陆居民无法熟悉或了解相关规定，又不谙台湾司法诉讼程序，还有海峡两岸生活费用水平不同等原因，在商标权保护方面并不尽如人意,从而给海峡两岸的商事交往的正常进行徒添许多麻烦。而持续增长和扩大的海峡两岸商事交往的现实情况，又使得这种情况有日益增加的可能，因而需要海峡两岸合作保护商标权。

.海峡两岸合作保护商标权可以节约司法资源

由于海陕两岸商标法的具体规定不同，在处理有关商标权纠纷、进行商标权保护的司法和行政执法（包括海关保护）中,必须投入大量的人力和财力。而这些投入中有些原本是不必要的，但是在现有的商标法律制度下,却是必须的。所以，如果实现了海峡两岸的商标权保护的合作，这种因注册区域不同而产生的侵权等权利纠纷将会大大减少，从而必将大大节约司法、行政执法成本。