海峡两岸合作保护商标权的基础，体现在海峡两岸合作保护商标权的必要性和可能性两方面。随着当今世界经济全球化、贸易自由化的发展趋势，海块两岸经贸交流也必将更迅速地发展，两岸企业或个人寻求知识产权保护的要求也随之增长。而今，大陆和台湾都是世贸组织的成员，都是世贸组织《与贸易有关的知识产权协议》（TRIPS协议）成员,虽然两岸都在TRIPS协议的框架下尽力使自己的商标立法符合国际统一实体法的规定，但TRIPS协议第一部分第1条“成员义务的性质与范围”第1项规定:“成员均应使本协议的规定生效。成员可在其域内法中，规定宽于本协议要求的保护，只要不违反本协议，但成员无义务非作这类规定不可。成员有自由确定以其域内法律制度及实践实施本协议的恰当方式。”两岸由于种种原因，特别是商标法具有极严格的属地主义这一因素，会使各自商标法律制度实施的“恰当方式”有所不同，因此造成了两岸的商标法在具体规定上仍存在上述不同，也就导致海峡两岸基于属地主义而进行的商标权保护仍具单向性：在大陆完成的商标注册，获得商标专用权，其效力并不及于台湾,若要在台湾取得同样的商标专用权，还须再向台湾相关部门注册,反之亦然。但是，在TRIPS的框架下,促进两岸商标权保护的相互合作,确立有效的保护两岸商标的法律保护制度，对两岸的经贸交流，对保护两岸企业的共同利益和增强企业的竞争力，具有十分重要的现实意义和深远的历史意义。