海峡两岸都对驰名商标加以特殊保护。但大陆和台湾对驰名商标的保护，无论在保护历史、名称、保护范围、认定机构和认定标准方面都存在差异。

在保护历史上，大陆商标法在2001年10月27日修正后，第一次在法律中明确了对驰名商标的保护，其后修订的商标法实施条例对商标法的相关规定作了细化和补充。（虽然之前大陆也通过评比或根据国际公约认定了一些驰名商标，国家工商管理局在1996年8月14日发布了《驰名商标认定及管理暂行规定，规定了驰名商标的定义、认定条件,并规定驰名商标的认定工作由国家工商局商标局来进行，但商标法上并未体现。）台湾地区对驰名商标的保护是延续国民党退居台湾之前，于1930年5月6日公布、1931年1月1日起施行的“商标法”对驰名商标的保护。

在名称上,大陆商标法称之为驰名商标，自从有法律保护以来，名称一直未变。台湾“商标法”对此的称谓则几经改变，（“商标法”对此的称谓由1930年“商标法”的“世所共知之他人标章”到1983年“商标法”的“著名标章”，再到1997年“商标法”的“他人著名之商标或标章”并一直沿用至2003年“商标法”。）保护的范围也随之不断变化。

在保护范围上，大陆商标法对驰名商标的特殊保护按已注册商标和未注册商标加以区分，给予不同程度的保护。（大陆商标法第13条规定:“就相同或者类似商品申请注册的商标是兔制、摹仿或者翻译他人未在中国注册的驰名商标，容易导致混淆的，不予注册并禁止使用。就不相同或者不相类似商品申请注册的商标是复制、摹仿成者翻译他人已经在中国注册的驰名商标，误导公众，致使该驰名商标注册人的利益可能受到损害的，不予注册并禁止使用”）台湾地区“商标法”对驰名商标的保护并不区分是否注册，但适用商品的范围时而扩大时而缩小，（关于保护范围，台湾在历次“商标法”中的规定如下：1930年、1935年、1940年“商标法”为“使用于同一商品［1958年“商标法”未明确规定;1972年、1983年、1985年、1989年“商标法”为“使用于同一或同类商品”；1993年、1997年、2002年、2003年“商标法”虽未明确规定范围，但从立法意图及条文所示含义，可认为是可跨类保护。）极不稳定。

在认定机构上，司法机关的认定方面，海峡两岸都由一定级别的法院进行认定。而在行政认定上,海块两岸的认定机构有所不同：大陆是由隶属于国家工商总局的商标局和商标评审委员会进行;台湾则由“经济部智慧财产局”认定。

在认定标准上，海峡两岸商标法的规定大致相同。（大陆《商标法》第14条规定认定驰名商标应当考虑如下因素：（1）相关公众对该商标的知晓程度；（2）该商标使用的持续时间；（3）该商标的任何宣传工作的持续时间、程度和地理范围；（4）该商标作为驰名商标受保护的记录；（5）该商标驰名的其他因素。台湾“商标法”对驰名商标认定的要素没有明确，但在其配套规章《著名商标或标章认定要点）第5条规定认定著名商标应考虑下列因素：（1）相关事业或消费者认识商标或标章之程度；（2）商标或标章使用期间;范围及地域；（3）商标或标音推广之期间、范围及地域；（4）商标或标章注册、申请注册之期间、范围及地域，但需达足以反映其使用或被认识之程度；（5）商标或标章成功执行其权利之记录，特别是曾经行政或司法机关认定为著名之情形；（6）商标之价值；（7）其他足以认定著名商标之因素。）陆商标法规定的驰名商标认定因素中没有商标价值的规定，台湾的“商标法”则有相关规定。而商标的价值是与商誉紧密联系的。一个商标的价值，在其驰名之前,其估价和市场的实际价值往往有很大的区别②，大陆商标法未将其考虑在内有其科学性及合理性。

对照TRIPS协议的规定③，海峡两岸商标法都对驰名商标给予了扩大保护，符合TRIPS协议规定的精神，但大陆商标法对驰名商标的保护仍局限在混淆理论的基础上，而台湾2003年的修订对驰名商标的保护不仅规定了基于混淆理论不予注册，基于淡化和联想理论也不予注册，体现了商标权保护的最新发展，且其现行“商标法”规定可以通过权利人的同意而排除保护，体现了私权保护的意思自治原则④。因而，台湾现行“商标法”更接近TRIPS协议的要求，也更符合驰名商标发展的潮流。