自20世纪80年代末以来，海峡两岸的经贸交流迅猛发展，由此衍生出一系列的法律问题，商标权的保护即为其中最引人注目的法律问题之一。长期以来，由于政治、经济体制、意识形态及受外来文化影响的程度不同等原因，尽管海峡两岸有着同样的文化底蕴、同样的传统习惯，还是导致了海峡两岸法制发展方向的不同,也因此导致海峡两岸商标权保护各具特色、自成体系。因而两岸商标法对商标权保护的差异也就成了研究的焦点。但目前有关两岸商标权保护的研究，基本上局限在海峡两岸商标权保护的比较方面(只是比较的角度不同：有的是全面比较，从传统知识产权权利保护的著作权、专利权、商标权分别进行比较;有的是就商标权保护的全部问题进行比较;还有的是就商标权保护的若干方面进行比较，包括商标权的刑法保护比较。)或TRIPS协议对海峡两岸商标法的影响上（如杨和义,2002；高子才，1996；胡良荣,2003；王连峰、王彦喜，1998；杨崇森,1995；彭莉,2000），鲜有涉及两岸合作保护商标权的内容。只有彭莉的《TRIPS对两岸商标法的影响及两岸合作保护商标权的探讨》涉及了海峡两岸商标权合作保护问题。而健全的商标权保护制度对海峡两岸的投资、科技、贸易的正常交往以及工商业者的切身利益，都有着重要的影响。因而，基于目前海峡两岸经济贸易交往的局势,特别是2009年海西区域规划上升为国家战略后，两岸必将全面扩大和深化经贸交流，则海峡两岸如何求同存异，合作保护商标权,是不容回避的问题。

由于大陆与台湾多年隔海对望的局势,使得与台湾合作保护商标权，不同于与香港、澳门的商标权保护合作①。因此对海峡两岸合作保护商标权有探讨的必要。本文试图通过比较海峡两岸商标法对商标权保护方面的区别，在此基础上结合海峡两岸在商标权保护上的现实情况，分析海峡两岸合作保护商标权的必要性和可能性，进而提出自己对海峡两岸合作保护商标权的思路,期望通过海峡两岸对商标权合作保护的探讨，达到海陕两岸商标权保护的双赢局面。