《商标法》第六十条规定，对于侵犯注册商标专用权的行为引起的纠纷，可以“由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。对侵犯商标专用权的赔偿数额的争议，当事人可以请求进行处理的工商行政管理部门调解，也可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。经工商行政管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉”。 第六十一条规定：“对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处；涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。”第六十二条规定：“县级以上工商行政管理部门根据已经取得的违法嫌疑证据或者举报，对涉嫌侵犯他人注册商标专用权的行为进行查处时，可以行使下列职权：
“（一）询问有关当事人，调查与侵犯他人注册商标专用权有关的情况；
“（二）查阅、复制当事人与侵权活动有关的合同、发票账簿以及其他有关资料；
“（三）对当事人涉嫌从事侵犯他人注册商标专用权活动的场所实施现场检查；
“（四）检查与侵权活动有关的物品；对有证据证明是侵犯他人注册商标专用权的物品，可以查封或者扣押。
“工商行政管理部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合不得拒绝阻挠。在查处商标侵权案件过程中，对商标权属存在争议或者权利人同时向人民法院提起商标侵权诉讼的，工商行政管理部门可以中止案件的查处。中止原因消除后，应当恢复或者终结案件查处程序。”
依照上述规定，工商行政管理部门可以对商标相关违法行为进行主动查处，也可以应权利人要求进行查处。在查处商标相关违法行为过程中，相对方必须配合工商行政管理部门的询问、查阅、复制以及现场检查行为。另外，工商行政管理部门还具有查封或扣押侵权物品的权力。
在认定相对方的行为构成商标侵权后，工商行政管理部门可以责令其立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具并处以罰款。罚款的金额以违法经营额计算。《商标法实施条例》第七十八条规定：“计算商标法第六十条规定的违法经营额，可以考虑下列因素：
“（一）侵权商品的销售价格；
“（二）未销售侵权商品的标价；
“（三）已查清侵权商品实际销售的平均价格；
“（四）被侵权商品的市场中间价格；
“（五）侵权人因侵权所产生的营业收入；
“（六）其他能够合理计算侵权商品价值的因素。”
值得注意的是，工商行政管理部门的处罚决定必须遵循“过罚相当原则”。