与普通商标一样，证明商标、集体商标也需要经过形式审查、实质审查，但与普通商标的审查有些不同。
（一）形式审查
证明商标、集体商标的形式审查，包括申请书件是否齐备、费用是否缴纳、申请人身份证明（组织证明）。
（二）实质审查
证明商标、集体商标的实质审查包括两个方面的内容:
1.申请人资格是否符合规定，如其是否具备对于证明商标所证明商品的特定品质的检测监督条件和能力，商标局会进行较为严格的书面审查，必要时会进行实地考察和调查；《证明商标使用规则》是否符合规定，证明商标的使用规则是否符合《商标法》和《集体商标、证明商标注册和管理办法》（以下简称《办法》）的规定，是否具备可操作性和可实施性等。
2.将证明商标的标志作为普通商标的标志，进行相应地审查，如同普通商标一样，是否与他人在先注册的商标权发生冲突，是否违反了《商标法》的规定等等。与普通商标不同，证明商标可以使用行政区划名称。
（三）证明商标集体商标的公告、异议和注册对于通过初步审定公告的，商标局将该证明商标、指定使用商品、申请人有关资料、《证明使用规则》或者摘要一并刊登于《商标公告》。任何人都可以在公告之日起3个月内就要申请的证明商标提出异议，包括商标标志和使用规则。无人提出异议的，即取得注册，商标局颁发《证明商标注册证》或《集体商标注册证》。商标局对证明商标和集体商标单独设立注册簿。

一、证明商标的使用
证明商标的使用同样应当符合《商标法》、《商标法实施条例》的规定的有关商标使用的规定，同时，还应当符合《办法》的规定。
具体规定如下：
（一）注册人不得在自己提供的商品上使用证明商标，而是经其同意授权他人使用；
（二）注册人不得拒绝符合证明商标条件并且办理相关手续的使用请求；
（三）注册人向符合证明商标使用条件并且办理了相关手续的申请人颁发《证明商标使用证》，并且不必再办理其他手续，也不必再另行签订商标使用许可合同和向商标局备案；
（四）注册人有义务加强对证明商标使用的管理，对于使用证明商标的商品质量和服务进行有效的监控；
（五）注册人不得干涉他人对于地理商标标志的地名的正当使用。
所谓正当使用可以从以下几个方面考虑:
1.使用人是否在当地从事正常相应的商品生产或者经营活动；
2.使用地理标志中的名字或者图形是否是表明商品来源所必须的；
3.使用人的使用方式是否是在当地普通或者普遍的使用方式；
4.使用人的使用方式是否是善意的；
5.证明商标的标志是否有一定的特点；
6.使用人是否刻意模仿证明商标的标志。
总之，判断使用人的使用是否正当，主要从主观看，其是否违反“诚实信用”原则，是否故意地模仿和使用证明商标，从而造成公众的混淆；从客观上看，使用人的使用是否表明商品产地来源必须的或者必要的。之所以如此规定是因为地名是属于公有领域的，不应当完全由证明商标或集体商标注册人绝对垄断其使用，因此，有必要对于证明商标或者集体注册人的权利做出必要的限制，他人在正常的商品生产或者经营活动中，也有权以正常的方式使用地名。
（六）证明商标的使用人除了使用证明商标外，还可以在相应的商品或服务上使用自己的注册商标。
二、集体商标的使用
集体商标只能由注册人（该组织）的成员使用和注册人自己使用，不得许可非集团成员使用；集体商标注册人向其成员颁发《集体商标使用证》，而不必另行签订商标使用许可合同和办理有关备案手续；注册人的成员发生变化需向商标局申请变更事宜，并且由商标局公告；注册人有义务加强对集体商标使用的管理，对于使用集体商标的商品质量和服务进行有效的监控；集体商标的使用人除了使用集体商标外，还可以在相应的商品或服务上使用自己的注册商标。
三、证明商标、集体商标的变更、转让事宜
（一）证明商标、集体商标注册人的名义、地址变更同样需要办理相应的变更手续；
（二）证明商标、集体商标的使用规则的修改，也需要向商标局申请变更，并由商标局公告；
（三）证明商标、集体商标可以办理转让，但是受让人应当符合《商标法》、《商标法实施条例》和《办法》的关于证明商标、集体注册人主体资格的规定。
集体商标、证明商标的保护与普通商标的保护类似。