实践中，对马德里国际注册体系比较值得关注的问题主要涉及以下几个方面：
（一）申请人主体资格
中国的公司和个人均可基于中国商标的注册和申请提出马德里注册申请。
（二）申请费用
马德里申请的费用包括：（１）基础注册费；（２）指定国家的单独规费；（３）中国商标局的费用。由于马德里申请不涉及支付国外律师的代理费用问题，因此相比较于单独国家申请，费用要低得多。同时，对于每一份马德里申请只收取一份基础注册费，而可以指定多个成员国，因此指定的国家越多，越经济划算。
（三）选择具体国家
通过马德里申请指定美国、韩国、新加坡容易被驳回。美国、韩国的驳回通常是因为商品问题，前述两国在适用尼斯分类表时，进行了非常严格的细化，如服装在上述国家均不会被接受；新加坡的驳回，通常是因为商标问题，即对含有中文字的商标，新加坡官方往往要求提供经公证的中文字的解释，而该公证的解释文件在提交马德里新申请时，往往是无法同时提交的。
（四）商品选择
除了上述提到的美国、韩国对商品的严格要求外，在其他国家进行马德里注册时，也需要对商品特别留意。这是因为，在进行马德里申请时，要求商品以国内申请或注册为基础，而中国在适用商品尼斯分类时，进行了本地化处理，即在商品分类表中，中国商标局根据中国的实际情况补充了很多中国特有的商品，而这些中国特有的商品在其他国家的分类表中是没有的。因此，在进行马德里申请时，要对商品先进行筛选，对于属于中国特有的商品，如果并不是客户的重要商品，建议在提交马德里申请时删除。（五）马德里注册证
目前，国际局下发马德里注册登记证书的速度很快，仅需６个月左右。在国际局下发各注册登记证书时，该马德里申请将转到相应指定国家，相应指定国家将对该申请进行实质审核。对于马德里协定国，自转发该国际注册日起１２个月内，如果没有收到相应国家的驳回通知，即默认该申请在该国受到保护；对于马德里议定书国，自转发该国际注册日起１８个月内，如果没有收到相应国家的驳回通知，即默认该申请在该国受到保护。但是，各个国家可以在前述审核期到期前通知国际局，声明该审核或异议程序可能超过该期限，从而不受前述期限的约束。
此外，如果马德里指定美国、韩国、日本，这三个国家在审核通过后，还会单独下发注册证书。
（六）后期指定
马德里后期指定，是指基于一个马德里国际注册，将该马德里注册延伸至其他成员国。当今很多企业由于业务范围逐步扩大，需要在其他国家对其商标进行保护，不妨在马德里注册的基础上进行后期指定，其效力相当于马德里新申请，而且基础费用要比申请时低，同时便于企业对商标进行统一管理。
（七）商标续展
马德里商标续展，须在注册期满前６个月申请，有６个月的宽展期，但宽展期内会有罚金。马德里商标续展的费用总体来说与新申请差不多，但具体议定书国家的与新申请费用有一定的上下浮动。
（八）变更、转让即许可使用
马德里商标变更、必须有国内基础注册或申请的变更证明，方能办理马德里商标变更。但马德里商标转让则不再需要国内转让证明。
马德里商标变更的费用与指定个数无关，是按照申请变更的件数来计算；马德里商标转让的费用与指定国家的个数无关，是按照马德里注册的件数来计算；马德里商标使用许可备案的费用与所指定的国家个数无关，须注意并不是所有的马德里成员国均可办理使用许可备案。
（九）中心打击原则
中心打击原则，是指马德里国际注册的基础商标在国际注册日起的５年之内无效的，该马德里国际注册所指定的国家也就相应无效。虽然此项原则看似严厉，然而在实践中发生的情况并不多，需要提醒商标注册人提高警惕，尽量避免基础商标无效情况的发生。同时，即便发生中心打击的情况，商标注册人也可以积极应对，将国际注册转变为单一国家逐一注册申请，以获得相关国家的商标保护。