（一）成本优势
马德里国际注册体系在成本方面有着非常大的优势。如果将指定全部８０余个成员国的费用总计之后再平均到每个国家，则每个国家申请注册的费用约合人民币１３００元左右；而单一国家申请注册的费用最低也要３５００元左右。比如在费用较低的越南、老挝等东南亚国家，一般为３５００元左右；而在欧美国家每个申请注册的费用大多为人民币２００００元左右。
马德里国际注册体系的注册低成本不仅体现在申请注册上，也体现在后期的变更、转让、续展等环节中。在金融危机影响下的２００８年，中国企业的商标国际注册申请仍达到１５７４件，比２００７年增长８％。与传统的逐一国家注册相比，马德里商标国际注册为我国企业至少节约了十几亿元的费用。而马德里商标国际注册的高效率和易操作性，更是为众多涉足国际市场的企业在国际上获得商标保护提供了有力的支持。
（二）门槛条件
马德里国际注册受限于国内申请和注册的基础。申请马德里国际注册的重要前提是需要申请人拥有国内商标申请或注册，而单一国家注册大多无须具备此条件。如果国内申请人需要尽快拓展海外市场，很有可能无法等到这一条件形成，而在等待国内申请的受理通知或者注册的过程中，还有可能遭致恶意抢注。
马德里国际注册体系的“中心打击原则”也是申请人对于此种注册途径的一个顾虑。根据“中心打击原则”规定，马德里国际注册在其最初注册的５年内，如果国内基础商标失效或不复存在，则其通过马德里体系申请注册的国外商标也将视为无效。因此，马德里国际注册受其基础国商标的限制太为严格是其一大弊端。（三）程序差别
马德里国际注册申请递交后，只要各个指定国家在规定的１２个月或１８个月期限内不发驳回通知，即默认该商标在该国受到保护。对于注册周期长达５～６年的国家来说，通过马德里国际注册反而能够有效缩短注册周期；但对于个别周期更短的国家来说，此优势也就丧失了。在指定成功后，除美国、日本、韩国外，其他国家是不会颁发注册证书的，只是有效国家会下发受保护通知，这就造成注册权人在指定国维权时的不便。而如果需要权利人证明其商标权时，还需要向指定国主管当局申请开具注册证明。而单一国家商标注册成功后是一定颁发注册证书的。
在申请过程中，由于马德里国际注册体系涉及中国商标局、世界知识产权组织、指定国商标局三个官方机构，流转程序较多，在文件转达过程中难免会存在转达不及时造成延误的情况，申请人也很难与这些机构联系以及时了解进展情况。这时，单一国家注册的优势就体现出来了，申请人在申请注册的过程中可以随时通过申请国的代理机构了解申请进展情况，在商标注册完成后有效期届满之时，多数国外代理机构还会做出续展提醒以免商标失效。
（四）总结
通过以上比较可以看出，如今的马德里国际注册体系已日趋成熟和完善，加之其费用低、省时间、手续简便，是各大企业进行全球商标战略布局的最佳选择。
马德里国际注册有着巨大的成本优势，但也有着明显的弊端，主要体现在申请进程无法控制以及受制于国内基础申请或注册等方面。我国企业通过马德里国际注册申请商标数量呈明显递增趋势，可见我国企业对马德里国际注册的理解认可程度较高。
同时，虽然越来越多的国家加入到马德里体系中来，并且该体系涵盖了多数欧美发达国家，但中国企业出口的主要目的地是非洲和南美，那里的许多国家还没有进入马德里体系。所以，遗憾的是，一些同我国贸易联系密切的国家目前还不是其成员国，我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。因此，怎样结合单一国家注册和马德里国际注册，选择国外商标注册，也是申请人需要慎重考虑的。