在处理在后权与在先权之间的冲突时，有人认为在先权一定优于在后权，应保护在先权而不保护在后权。笔者认为，上述观点是值得商榷的。在先权与在后权发生冲突，在决定保护哪个权利而不保护哪个权利时，不是取决于取得权利的时间，而是取决于在后权的取得有无实质上的法律依据。如果在后权的取得既有形式上的法律依据，又有实质上的法律依据，就要在特定的范围内既保护在先权又保护在后权；如果在后权的取得仅有形式上的法律依据，而没有实质上的法律依据，就要保护在先权而不保护在后权。
如由甲企业主持、代表甲企业意志创作并由甲企业承担责任的一幅美术作品于１９９６年８月１０日创作完成，甲企业于１９９６年８月１６日分别以该美术作品作为商标申请注册，以某工业产品的外观设计申请专利，商标局于１９９７年２月５日核准注册了该商标，专利局于１９９７年６月５日授予专利权，该美术作品既受我国《著作权法》的保护，又受我国《商标法》《专利法》的保护。甲企业创作完成该美术作品后，乙企业以该美术作品作为商标申请注册，该商标于１９９８年９月６日被核准注册；丙企业以该美术作品作为某工业产品的外观设计申请专利，专利局于１９９８年１０月５日授予专利权。由于在先权和在后权的主体不是同一主体，就产生了商标权、外观设计专利权、著作权之间的冲突。在上例中，如果乙企业以该美术作品作为商标申请注册之前，既未与甲企业签订使用该美术作品的书面合同，也未取得甲企业的许可，那么，乙企业就侵犯了甲企业的在先著作权，该商标权的取得仅有形式上的法律依据，没有实质上的法律依据。因此，乙企业的在后商标权与甲企业的在先著作权发生冲突后，就要保护甲企业的在先著作权而不保护乙企业的在后商标权。如果乙企业以该美术作品作为商标申请注册之前与甲企业签订了使用该美术作品的书面合同或者取得了甲企业的许可，那么，该商标权的取得不仅有形式上的法律依据，而且有实质上的法律依据。因此，乙企业的在后商标权与甲企业的在先著作权发生冲突后，应在该商标注册的使用范围内保护乙企业的在后商标权，在该注册商标的使用范围之外保护甲企业的在先著作权。
笔者认为，按照保护在先权人利益的原则处理在后权与在先权之间的冲突，包括以下两层含义：（１）在后权的取得侵犯他人的在先权的，该在后权的取得仅有形式上的法律依据，而没有实质上的法律依据，在后权与在先权发生冲突时，只保护在先权，而不保护在后权。（２）在后权的取得未侵犯他人的在先权的，该在后权的取得既有形式上的法律依据，又有实质上的法律依据，在后权与在先权发生冲突时，既要在特定的范围内保护在先权，又要在特定的范围内保护在后权。例如，作为合法在后权的商标权与合法在先权的著作权发生冲突时，既要在注册商标的使用范围内保护合法在后权的商标权，又要在该注册商标的使用范围之外保护该合法在先权的著作权。应当说明的是，在研究在先权制度时，应充分注意作为在先权利的著作权应当穷竭于何时、美术作品用作工商业标记而产生的权利属于谁等问题。有学者认为：“一件美术作品的著作权，无论权利主体如何变更，只要该权利处于法定保护期间之内，权利人都享有以各种方式对作品进行利用，并享有取得收益的权利。”美术作品被用作商标时，该美术作品的著作权“应当在作品用作商标之际，就‘穷竭’了”。“谁把美术作品用作工商业标记，谁使用该标记向市场提供产品或服务，谁就是该标记的财产所有人，即商标权人。该美术作品的著作权人无权分享商标权领域内产生的权利。”有学者反对上述观点，认为，“一个享有版权的作品，只要被他人未经许可而当作商标使用，版权人的权利就‘穷竭’了”的观点是没有法律根据的。“‘未经许可而将他人的美术作品用作工商业标记而产生的权利属于谁？’答案只能是‘答非所问’。因为未经许可的侵权行为不产生新的权利。”
笔者认为，他人经著作权人许可，将受著作权法保护的美术作品当作商标使用并取得商标权的，法律应当在该注册商标的使用范围内保护商标注册人的商标权，在该注册商标的使用范围之外保护著作权；他人未经著作权人许可，将受著作权法保护的美术作品当作商标使用，商标使用人的使用行为属于侵犯著作权的行为，不会导致该著作权的穷竭。如果认为未经著作权人许可而将受著作权法保护的美术作品用作为商标时，该作品的著作权就穷竭了，就不会发生该商标权与著作权的冲突了，因此，美术作品被用作工商业标记而产生的权利属于谁应视具体情况而定。如果他人经著作权人许可，将受著作权法保护的美术作品用作工商业标记，由此而产生的权利属于工商业标记的使用人；如果他人未经著作权人许可，将受著作权法保护的美术作品用作工商业标记，该使用行为是侵权行为，不存在由此而产生的权利属于谁的问题。