地理标志价值是多元的，地理标志保护制度的价值取向就是：（１）对地理标志标识的法律保护，主要是规范地理标志的使用行为；（２）对地理标志所凝聚的传统知识的保护，包括对地理标志产区自然环境、人文因素构成的传统知识的保存、维护、发展、利用和保护。市场消费者一般难以看到决定地理标志商品特定质量、信誉或其他特征的自然因素和人文因素，通常是其看到的地理标志引导其选择地理标志产品，尽管消费者可以忽略这些自然因素和人文因素的存在和重要意义，但是从事地理标志商品生产经营的相关人员绝不能忽视地理标志标识后面的传统知识。事实上，如果没有这些背后的传统知识，或者这些传统知识被破坏，地理标志商品的特定质量、信誉或其他特征也就不复存在，地理标志的知名度也就因此削弱或消失。
如果从地理标志的文化价值和对和谐发展的贡献的角度，可看出其对文化经济的作用。例如，世界上比较成功的地理标志，其有关方面非常注重宣传这些标识背后的独特的传统知识和文化，其原因有二：一是展示其商品的独特性，希望消费者对其商品有深入的全面的了解；二是可以引导消费者深入地理标志商品产区，培养消费者对自己的商品的欣赏和消费习惯，同时展示地理标志商品产区优美的自然景观，开发既有经济效益又有文化宣传价值的地理标志旅游产业。
另外，对地理标志的保护应当是全面的、贯穿整个产业链的，这对于开发旅游业尤其重要。比如，在地理标志商品的产业链上，一般只是下游的产品直接与消费者见面，最终的产品才会使用这些高知名度的地理标志标识，如果地理标志保护制度只注重地理标志标识使用的保护，地理标志产品产业链上中游的从业者，特别是上游的从业者等广大农民、果农等根本无法从下游利益链的巨额利润中分到应有的利益。地理标志产业的各个链节需要和谐发展，那些真正掌握和使用传统知识并在地理标志高知名度标识做出积极贡献的上游从业者，应当获得制度的保护和尊重。