我国部分企业非常重视知识产权工作，长期致力于不断提升知识产权创造和运用能力，积极建立健全知识产权保护机制，努力提高知识产权管理能力，知识产权申请、应用、保护等工作逐步展开，知识产权管理取得显著成效。但是，整体而言而，我国企业知识产权管理工作尚处于起步阶段，还存在以下不足：
（１）在知识产权战略方面，大部分企业都缺乏专门的自主研发及成果使用或知识产权方面的战略规划的相关内容；有些单位根据本单位的科技实力和特长制定了战略规划，但战略制定存在模糊性和变动性，并且由于各个单位承担的运行保障的角色不同，战略定位存在较大差异。
（２）在制度建设方面，多数企业已经建立相应的研发制度，但对于知识产权管理制度的建设相对滞后。许多未把知识产权管理作为企业日常管理的一部分，在明确产权归属、激励职务发明、解决纠纷、知识产权运营、无形资产评估等制度建设不健全。知识产权的归属存在诸多漏洞，权属不明，保护不力。
（３）在组织机构方面，许多企业都没有明确的主管研发和知识产权工作的领导和部门，即使有知识产权管理部门，其管理岗位的设置多为兼职。我国大部分企业既没有设立知识产权管理机构，又没有配备专门人员负责知识产权事宜，往往由相关部门、相关人员“兼管”，使知识产权管理流于形式。一些企业即使有专门负责处理知识产权业务的机构和人员，也没有制定相应的知识产权管理保护规定，职责不落实，不能依法保护企业知识产权，更谈不上灵活运用知识产权战略来促进企业的发展。
（４）在资源投入方面，由于受到政策、法规等影响，研发单位大多存在研发经费投入不足的情况。
（５）在人才队伍方面，大部分企业都较为重视专业队伍建设情况，认识到这是企业发展的重要环节，通过企业内部定期培训、学历教育、与国外合作等形式培养人才。但整体而言，研发人员比重明显偏低，受行业外薪酬待遇的影响，人员流动性较大。知识产权培训还无法满足知识产权工作的需要，知识产权的考核评审还未普遍纳入企业绩效考核体系，没有将专利工作纳入企业考核指标之中。（６）在激励机制方面，一些企业采取了激励措施，如绩效考核、薪酬、职务晋升、培训、荣誉等形式，以提高本单位自主研发水平。但总体看来，多数企业未真正形成能激励研发的激励机制，尤其缺乏有效的物质激励机制，存在奖励政策落实程度不够，奖励不透明、不到位的现象，部分企业仍习惯于单一的科技奖励制度，发明人的报酬与知识产权的创造及收益关系不大，科技人员的绩效考核与知识产权的数量和质量无关，没有全部兑现和没有兑现奖酬政策，打击了科技人员的创新积极性。
（７）在研发机制方面，受技术水平和产品需求影响，目前企业研发模式主要有完全自主、合作、委托、引进等，研发组织形式主要是项目组形式，对专利文献信息的收集与利用程度不够，专利文献库等基础设施缺乏，跟踪分析国内外知识产权情报能力较弱。
（８）在知识产权纠纷处理方面，不同的知识产权纠纷有不同的处理策略和措施，譬如专利侵权纠纷与商标侵权纠纷，前者往往首先会优先采取协商措施，后者往往会直接采取法律手段。我国企业通常只把知识产权问题简单地看作法律问题，知识产权保护通常依靠法律事后补救机制，解决知识产权纠纷方式过于单一。